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- PDB-6ora: An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolina... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ora | |||||||||||||||
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Title | An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase | |||||||||||||||
![]() | Quinolinate synthase A | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / BIOSYNTHESIS | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Silakov, A. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: An Unexpected Species Determined by X-ray Crystallography that May Represent an Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase. Authors: Esakova, O.A. / Silakov, A. / Grove, T.L. / Warui, D.M. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 263.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 212.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6nsoC ![]() 6nsuC ![]() 6or8C ![]() 1wzuS ![]() 4zkz ![]() 5fev ![]() 5ffk C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34189.043 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E198Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: nadA, PH0013 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 269 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/5XW.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/5XR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/5XW.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/5XR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-5XW / ( | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-5XR / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 30% PEG 4000, 10 MM OAA, 10 MM DHAP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K PH range: 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 25676 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 5.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.25 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1766 / % possible all: 94.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1WZU Resolution: 2.2→45.945 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.945 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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