PDB-6or8: An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6or8

タイトル

An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase

要素

Quinolinate synthase A

キーワード

TRANSFERASE / biosynthesis of nicotinamide adenine dinucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB - 1716686 to sjb	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE - 1659679	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	GM - 122595	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: An Unexpected Species Determined by X-ray Crystallography that May Represent an Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase.
著者: Esakova, O.A. / Silakov, A. / Grove, T.L. / Warui, D.M. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J.

履歴

登録	2019年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / reflns_shell Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6or8.cif.gz	143.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6or8.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6or8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6or8_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6or8_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6or8_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	6or8_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6or8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6or8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nsoC 6nsuC 6oraC 1wzuS 4zk6 4zkz PDB 未公開エントリ 5feu 5fev PDB 未公開エントリ 5ffk PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ktm-d 5ktt-d 5ktp-d 6ora-2 6ora-1 6nsu-d 4zk6-2 6f4d-d 4zk6-1 5kto-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Quinolinate synthase A

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.393, 52.527, 53.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Quinolinate synthase A 分子量: 34190.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: nadA, PH0013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O57767, quinolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-5XR / 2-hydroxy-N-[(1S)-1-hydroxy-3-oxopropyl]-L-aspartic acid 分子量: 221.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 12% PEG 20000, 0.2 mM FAD, 5 mM Asp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→48.65 Å / Num. obs: 28922 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 9.93
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WZU

1wzu

解像度: 1.65→48.627 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	2005	6.93 %
R_work	0.1661	-	-
obs	0.169	28922	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2375	0	28	285	2688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.567	3352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.243	1544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6878	0.2466	133	0.1805	1806	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6878-1.7335	0.2865	138	0.1805	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7335-1.7845	0.2893	139	0.1805	1896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7845-1.8421	0.2281	152	0.1805	1927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8421-1.9079	0.2012	144	0.1805	1920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9079-1.9843	0.2316	142	0.1735	1912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9843-2.0746	0.2082	143	0.1688	1934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0746-2.184	0.2308	148	0.1536	1918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.3208	0.2091	143	0.1579	1928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3208-2.5	0.2091	144	0.1576	1949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.7516	0.2072	139	0.1673	1929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7516-3.1497	0.1913	149	0.1617	1927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.968	0.1845	146	0.1384	1952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.968-48.627	0.1805	145	0.1467	1989	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2315	1.1818	-5.349	6.3832	-3.6222	7.9961	0.0508	-0.4367	-0.6485	0.2255	-0.6482	-1.4374	0.0246	1.3288	0.4283	0.1049	-0.0036	-0.0617	0.2885	0.067	0.3588	0.8214	-10.4432	84.6068
2	1.6996	0.39	0.856	1.6403	-1.0026	8.8629	-0.0815	-0.1038	-0.0029	-0.0427	-0.1005	-0.1609	0.2215	0.272	0.1509	0.0813	0.0264	0.0345	0.0724	0.0001	0.0894	-9.681	-11.6756	78.5611
3	6.0028	1.0553	-0.1033	2.7556	0.55	4.1312	-0.0993	0.2947	-0.447	-0.0782	0.1242	-0.2164	0.2129	0.0338	-0.0025	0.1672	0.0213	0.0303	0.0667	-0.0288	0.1077	-11.2228	-13.8384	72.0323
4	2.1225	-0.2238	0.341	2.8947	-1.5563	3.3771	0.0102	-0.0407	-0.0406	-0.182	0.0687	0.1612	0.3498	-0.2401	-0.0746	0.0939	-0.0076	-0.0036	0.0661	-0.0122	0.0541	-18.3704	-8.7481	78.6709
5	7.2505	0.5143	3.9964	-0.1113	0.3436	1.6327	-0.23	-0.1471	0.4525	-0.0037	-0.0225	0.0561	-0.1515	-0.067	0.241	0.0902	0.0005	-0.0019	0.0976	-0.0125	0.1159	-30.5103	3.2614	65.2481
6	4.5238	-0.1765	0.6303	2.7434	0.3059	5.3583	0.0615	-0.4553	-0.4751	0.0239	-0.134	-0.2155	0.0582	0.2964	0.0472	0.0898	-0.0135	0.0015	0.1691	0.1075	0.1869	-30.1203	-8.7151	62.8167
7	5.2925	1.6364	0.1563	3.8669	1.4223	2.5775	-0.1156	0.3836	-0.0586	-0.2423	0.108	-0.0767	-0.0256	0.1384	0.0196	0.0697	0.0006	-0.0004	0.0928	0.0093	0.0729	-31.5428	-5.0317	53.5504
8	5.7623	-2.8326	-2.9475	2.51	1.7256	2.9586	0.2382	0.2859	0.5004	-0.3211	0.0088	-0.2809	-0.3083	0.0222	-0.2151	0.1286	-0.0328	0.0073	0.1036	0.0229	0.1048	-10.2651	-0.6661	48.8588
9	4.366	-2.2381	0.2435	4.9091	0.2381	2.2497	0.0717	0.12	-0.2852	-0.1731	-0.0181	0.2519	0.141	-0.1424	-0.0534	0.0699	-0.0245	-0.0086	0.0781	-0.0043	0.0568	-12.7878	-11.0866	50.4555
10	1.8875	-0.5939	-1.1654	3.194	1.7599	3.0534	-0.0826	-0.1487	-0.0079	0.1099	0.0867	-0.0818	0.0366	0.2242	-0.0092	0.0482	-0.0081	-0.0147	0.072	0.0102	0.0541	-4.3075	-7.9021	59.3187
11	4.1511	-1.613	-1.012	2.8222	-0.6651	4.6681	0.0133	-0.2105	0.1866	0.3641	-0.0284	-0.3122	-0.1705	0.3516	-0.0251	0.114	-0.0232	-0.0445	0.0749	-0.0215	0.1119	-8.0691	-2.2	83.3406
12	2.6168	-0.2945	0.4605	3.4973	3.3649	7.6193	0.0676	-0.7984	-0.8419	0.2748	-0.3605	0.4047	0.5423	-0.3914	0.1702	0.1828	-0.0671	-0.0061	0.5331	0.2884	0.3949	-32.0579	-11.295	73.0089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 12:23)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 24:48)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 49:77)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 78:104)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 105:135)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 136:165)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 166:191)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 192:229)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 230:261)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 262:278)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 279:299)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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