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- PDB-6or8: An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolina... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6or8 | |||||||||||||||
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Title | An Unexpected Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase | |||||||||||||||
![]() | Quinolinate synthase A | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / biosynthesis of nicotinamide adenine dinucleotide | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: An Unexpected Species Determined by X-ray Crystallography that May Represent an Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase. Authors: Esakova, O.A. / Silakov, A. / Grove, T.L. / Warui, D.M. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 143.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 109.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6nsoC ![]() 6nsuC ![]() 6oraC ![]() 1wzuS ![]() 4zkz ![]() 5fev ![]() 5ffk S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34190.027 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: nadA, PH0013 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / |
#3: Chemical | ChemComp-5XR / |
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.77 Å3/Da / Density % sol: 30.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES, pH 6.5, 12% PEG 20000, 0.2 mM FAD, 5 mM Asp |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→48.65 Å / Num. obs: 28922 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.7 % / Net I/σ(I): 9.93 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.69 Å |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1WZU Resolution: 1.65→48.627 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.57
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→48.627 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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