+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oq9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of VEK50 in the bound form with plasminogen kringle 2 | ||||||
要素 | Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Plasminogen binding peptide / blood clotting | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Yuan, Y. / Castellino, F.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019 タイトル: Solution structural model of the complex of the binding regions of human plasminogen with its M-protein receptor from Streptococcus pyogenes. 著者: Yuan, Y. / Ayinuola, Y.A. / Singh, D. / Ayinuola, O. / Mayfield, J.A. / Quek, A. / Whisstock, J.C. / Law, R.H.P. / Lee, S.W. / Ploplis, V.A. / Castellino, F.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oq9.cif.gz | 251.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6oq9.ent.gz | 211.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oq9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oq9_validation.pdf.gz | 527.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6oq9_full_validation.pdf.gz | 701.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6oq9_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oq9_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/6oq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/6oq9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6okwC 6okxC 6okyC 6oqjC 6oqkC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6173.791 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 85-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AP53 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: pam, emm / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49054 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50, 1.5 mM Kringle 2, 2 ug/mL DSS, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O 詳細: 13C, 15N-labeled VEK50 with unlabeled Kringle 2 at molar ratio of 1:2 in 20 mM Bis-Tris-d19 buffer at pH 6.8 Label: 13C, 15N_sample / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |