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- PDB-6oov: Crystal structure of HMCES SRAP domain in complex with palindromi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oov
タイトルCrystal structure of HMCES SRAP domain in complex with palindromic 3' overhang DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / SRAP Domain / HMCES / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA binding protein / DNA-protein complex / DNA-damage protein / 3' overhang / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / DNA-(abasic site) binding / positive regulation of isotype switching / protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / interstrand cross-link repair / replication fork ...protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / DNA-(abasic site) binding / positive regulation of isotype switching / protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / interstrand cross-link repair / replication fork / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase-like / hypothetical protein yedk fold / SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Abasic site processing protein HMCES
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Halabelian, L. / Zeng, H. / Li, Y. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HMCES SRAP domain in complex with palindromic 3' overhang DNA
著者: Halabelian, L. / Zeng, H. / Li, Y. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
B: Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,23851
ポリマ－71,2384
非ポリマー047
水1,47782
1
A: Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

B: Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,23851
ポリマ－71,2384
非ポリマー047
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.729, 139.828, 66.613
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 270 / Label seq-ID: 1 - 269

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein / ES cell-specific 5hmC-binding protein / Putative peptidase SRAPD1 / SRAP domain-containing protein 1


分子量: 31671.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMCES, C3orf37, DC12, SRAPD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96FZ2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3947.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 47 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 11% PEG 8K, 0.1M CaCl2, 0.1M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.84 Å / Num. obs: 41672 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 142073 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.270.6461199936100.810.4160.7711.799.9
9.07-47.840.01820496190.9990.0120.02248.599.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6OEB

6oeb


解像度: 2.2→47.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 14.2 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.1992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.166
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 2059 4.9 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
obs0.1948 39582 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.62 Å2 / Biso mean: 55.49 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å21.79 Å2
2---2.67 Å2-0 Å2
3---4.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3940 462 47 82 4531
Biso mean--46.98 52.21 -
残基数----524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0124566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.596311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2991.6758884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3015495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.30121.273220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94115620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2181532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02997
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7881 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 173 -
Rwork0.313 2918 -
all-3091 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03110.27960.15822.16630.2631.94490.0848-0.0939-0.38290.1422-0.063-0.08020.1134-0.0136-0.02180.0391-0.00920.06920.00470.00250.336810.2606-3.876717.5301
23.81890.24530.02233.24190.03321.7250.0154-0.42990.04030.4264-0.01280.00920.0175-0.0198-0.00260.0797-0.00250.06540.0558-0.02250.1953-6.485624.359428.2117
33.9752-0.7077-0.52281.94042.43729.16640.02540.2153-0.0903-0.2978-0.40530.1567-0.251-1.46840.37990.2683-0.0176-0.0010.2567-0.09760.4583-2.7537-17.1586-3.7643
40.99030.8848-0.30056.59054.85415.8992-0.053-0.16430.31760.1075-0.19690.5219-0.03580.0250.24990.21830.0953-0.00530.179-0.01280.3853-3.5066-22.948-16.2215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 270
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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