PDB-6ooq: protein C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ooq

タイトル

protein C

要素

Multidrug transporter MdfA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / regulation of cellular pH / transmembrane transporter activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Lu, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of an engineered multidrug transporter MdfA reveals the molecular basis for substrate recognition.
著者: Wu, H.H. / Symersky, J. / Lu, M.

履歴

登録	2019年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ooq.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ooq.ent.gz	65.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ooq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ooq_validation.pdf.gz	735.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ooq_full_validation.pdf.gz	746.6 KB	表示
XML形式データ	6ooq_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	6ooq_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/6ooq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/6ooq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oomC 6oopC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vs1-d 6oom-d 6vs2-d 4zp0-d 4zow-d 6euq-d 6vrz-d 4hhz-4 6oop-d 4zp2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (7) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Multidrug transporter MdfA

ヘテロ分子

42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Multidrug transporter MdfA

ヘテロ分子

A: Multidrug transporter MdfA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.477, 71.369, 113.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Multidrug transporter MdfA 分子量: 42492.570 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 9-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: A9R57_05385, BJJ90_17655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E5MBX7, UniProt: P0AEY8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸分子量: 392.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→15 Å / Num. obs: 10817 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 15 % / Net I/σ(I): 40
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 300

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
SHARP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /

	反射数	%反射
obs	10817	98 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2923	0	28	0	2951

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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