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万見
- PDB-6oon: Human Argonaute4 bound to guide RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oon
タイトルHuman Argonaute4 bound to guide RNA
要素
  • Protein argonaute-4
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / RNA / miRNA / RNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RISC complex assembly => GO:0070922 / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / synaptonemal complex assembly / male meiotic nuclear division / RNA secondary structure unwinding / RISC-loading complex ...RISC complex assembly => GO:0070922 / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / synaptonemal complex assembly / male meiotic nuclear division / RNA secondary structure unwinding / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / miRNA processing / pre-miRNA processing / regulation of cell morphogenesis / RISC complex / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / miRNA binding / mRNA catabolic process / Regulation of MECP2 expression and activity / Transcriptional Regulation by VENTX / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / TP53 Regulates Metabolic Genes / P-body / MAPK6/MAPK4 signaling / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / male gonad development / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / negative regulation of apoptotic process / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-4 / paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain ...Protein argonaute-4 / paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Beta Complex / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, M.S. / Brackbill, J.A. / Nakanishi, K.
資金援助 米国, 日本, 4件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)GUP-41799 米国
Japan Science and TechnologyJPMJPR13L7 日本
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124320 米国
Other government
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Multidomain Convergence of Argonaute during RISC Assembly Correlates with the Formation of Internal Water Clusters.
著者: Park, M.S. / Araya-Secchi, R. / Brackbill, J.A. / Phan, H.D. / Kehling, A.C. / Abd El-Wahab, E.W. / Dayeh, D.M. / Sotomayor, M. / Nakanishi, K.
履歴
登録2019年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年3月10日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-4
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2332
ポリマ－101,2332
非ポリマー00
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area35790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.980, 68.011, 83.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1083-

HOH

21A-1311-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-4 / hAgo4 / Argonaute RISC catalytic component 4 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 4 / eIF2C 4


分子量: 97373.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO4, EIF2C4, KIAA1567
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9HCK5
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')


分子量: 3859.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The protein was co-purified with endogenous RNA from insect cells. Therefore, the precise sequence ...The protein was co-purified with endogenous RNA from insect cells. Therefore, the precise sequence or length of the RNA is unknown. The 5' end and 3' end of the RNA are tightly bound to the protein but the middle nucleotides were disordered.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG5000, 0.1 M MES, pH=6, 1 M LiCl, 100 mM Trimethylamine Hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.082 Å / Num. obs: 91128 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 1.91
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 14243

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OLA

4ola


解像度: 1.9→49.082 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2024 4550 4.99 %
Rwork0.1714 --
obs0.173 91128 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6281 243 0 464 6988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1179180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4712576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.32031400.28062857X-RAY DIFFRACTION98
1.9216-1.94420.28221340.26812888X-RAY DIFFRACTION98
1.9442-1.96790.27061540.24882797X-RAY DIFFRACTION98
1.9679-1.99280.27011510.24272877X-RAY DIFFRACTION98
1.9928-2.0190.2541460.22932828X-RAY DIFFRACTION98
2.019-2.04670.26011550.21682869X-RAY DIFFRACTION98
2.0467-2.07590.27171430.2072870X-RAY DIFFRACTION98
2.0759-2.10690.24081670.2012808X-RAY DIFFRACTION99
2.1069-2.13990.2281400.19752896X-RAY DIFFRACTION99
2.1399-2.17490.21931470.18822833X-RAY DIFFRACTION99
2.1749-2.21240.2041670.17412857X-RAY DIFFRACTION99
2.2124-2.25270.19251550.1732901X-RAY DIFFRACTION99
2.2527-2.2960.21631520.17082835X-RAY DIFFRACTION99
2.296-2.34290.18131310.16772924X-RAY DIFFRACTION99
2.3429-2.39380.20471590.16922877X-RAY DIFFRACTION99
2.3938-2.44950.19371450.17112887X-RAY DIFFRACTION99
2.4495-2.51070.2141620.17152868X-RAY DIFFRACTION99
2.5107-2.57860.19811510.16872859X-RAY DIFFRACTION99
2.5786-2.65450.1781690.16382868X-RAY DIFFRACTION99
2.6545-2.74020.2121520.17012916X-RAY DIFFRACTION99
2.7402-2.83810.19761660.17192888X-RAY DIFFRACTION99
2.8381-2.95170.2211440.17322909X-RAY DIFFRACTION99
2.9517-3.0860.20761460.17062901X-RAY DIFFRACTION99
3.086-3.24870.19871430.17592915X-RAY DIFFRACTION100
3.2487-3.45220.23441720.16362896X-RAY DIFFRACTION100
3.4522-3.71870.18151460.16342933X-RAY DIFFRACTION100
3.7187-4.09270.18821640.15032913X-RAY DIFFRACTION100
4.0927-4.68450.161350.13682972X-RAY DIFFRACTION100
4.6845-5.90040.18481590.15692952X-RAY DIFFRACTION100
5.9004-49.09810.17931550.17232984X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65930.17330.98621.4648-0.03391.4607-0.30670.76330.2783-0.27860.1017-0.3121-0.23280.7640.12830.2653-0.1185-0.01020.5390.08710.271-13.10240.811426.2868
21.2350.51560.10141.4344-0.43733.0564-0.27310.48950.2245-0.57390.25650.0811-0.56020.22630.00210.5912-0.1309-0.01520.4639-0.00070.3117-28.64134.4412.9092
31.5852-0.38850.10421.1739-0.04560.96820.09670.3119-0.1479-0.35110.02460.3785-0.1795-0.1357-0.11750.30440.0095-0.08080.22460.00170.2359-63.27128.454718.2042
41.4793-0.48090.04431.67770.41340.7911-0.02280.02310.0715-0.14910.0708-0.0332-0.13280.0857-0.0230.1415-0.02350.01570.12990.02090.1348-48.113610.766232.4528
50.0135-0.04720.00160.03020.05580.048-0.09090.67940.1903-0.2666-0.1029-0.3866-0.47870.57480.17950.4548-0.12680.01660.75780.11330.5428-41.6056.087110.5668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 137 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 138 through 374 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 375 through 562 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 563 through 861 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 21 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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