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- PDB-6oof: CTX-M-14 Beta Lactamase with Compound 20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oof
タイトルCTX-M-14 Beta Lactamase with Compound 20
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Beta-Lactamase / ESBL / Non covalent complex / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R6Z / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.236 Å
データ登録者Kemp, M. / Chen, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103158 米国
引用ジャーナル: Org Chem Front / 年: 2019
タイトル: An Empirical Study of Amide-Heteroarene pi-Stacking Interactions Using Reversible Inhibitors of a Bacterial Serine Hydrolase.
著者: DeFrees, K. / Kemp, M.T. / ElHilali-Pollard, X. / Zhang, X. / Mohamed, A. / Chen, Y. / Renslo, A.R.
履歴
登録2019年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5726
ポリマ－55,9672
非ポリマー1,6054
水12,340685
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7863
ポリマ－27,9841
非ポリマー8032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7863
ポリマ－27,9841
非ポリマー8032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.161, 107.211, 47.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27983.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCTX-M-14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2S1PK93, UniProt: Q9L5C7*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-R6Z / 3-(1H-tetrazol-5-yl)-N-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-5-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 401.306 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H10F3N9O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 1.0 M potassium phosphate, pH 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 111033 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.813 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 467633
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.24-1.263.90.86156950.5660.4650.9850.59989.4
1.26-1.284.30.77457200.6410.4060.8790.61691.4
1.28-1.314.50.71458840.6710.3710.8090.65693.2
1.31-1.344.70.67758660.7150.3440.7640.6992.6
1.34-1.364.80.6358580.7540.3170.7090.69792.7
1.36-1.44.80.59357830.7680.2980.6670.7592.2
1.4-1.434.60.5157140.8050.2620.5770.8490.9
1.43-1.474.20.44455950.8340.2420.5090.92488.4
1.47-1.514.30.37855940.8830.2020.4321.05388.2
1.51-1.564.50.32356150.9090.1690.3671.16789.3
1.56-1.624.40.27755200.9320.1480.3161.38287.6
1.62-1.684.10.23354210.9460.130.2691.57885.6
1.68-1.763.90.19953080.9550.1140.2311.85984.4
1.76-1.853.50.15851680.9670.0960.1862.29481.6
1.85-1.973.10.12148240.9810.0780.1452.95776.3
1.97-2.123.20.09949250.9850.060.1173.78477.8
2.12-2.333.50.08352800.9890.0490.0973.9483.5
2.33-2.6740.07356440.9910.0410.0844.20788.7
2.67-3.374.30.06657140.9930.0340.0754.44290.4
3.37-5050.05859050.9950.0280.0644.21191.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UA6

4ua6


解像度: 1.236→35.296 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2007 1988 1.79 %
Rwork0.1708 108933 -
obs0.1714 110921 87.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.53 Å2 / Biso mean: 15.6961 Å2 / Biso min: 6.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.236→35.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3907 0 116 685 4708
Biso mean--16.28 26.41 -
残基数----523
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2364-1.26740.29721340.2587561769585
1.2674-1.30160.27831450.24598183832892
1.3016-1.33990.261580.22168275843393
1.3399-1.38320.25431520.218150830292
1.3832-1.43260.19541350.19648130826591
1.4326-1.490.211520.19747799795188
1.49-1.55780.21891400.1877945808589
1.5578-1.63990.21291450.17447767791288
1.6399-1.74270.23281410.17547493763485
1.7427-1.87720.18951290.17127240736981
1.8772-2.06610.20451250.16666734685976
2.0661-2.3650.19361400.16047468760884
2.365-2.97940.18671390.16547960809989
2.9794-35.31030.17091530.14248228838191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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