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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oo3 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the C4-symmetric TRPV2/RTx complex in amphipol resolved to 2.9 A | |||||||||
![]() | TRPV2 | |||||||||
![]() | METAL TRANSPORT / ion channel / calcium channel / TRP channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() growth cone membrane / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / cell surface / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Zubcevic, L. / Hsu, A.L. / Borgnia, M.J. / Lee, S.-Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Symmetry transitions during gating of the TRPV2 ion channel in lipid membranes. 著者: Lejla Zubcevic / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Seok-Yong Lee / ![]() 要旨: The Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2) channel is a member of the temperature-sensing thermoTRPV family. Recent advances in cryo-electronmicroscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography ...The Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2) channel is a member of the temperature-sensing thermoTRPV family. Recent advances in cryo-electronmicroscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography have provided many important insights into the gating mechanisms of thermoTRPV channels. Interestingly, crystallographic studies of ligand-dependent TRPV2 gating have shown that the TRPV2 channel adopts two-fold symmetric arrangements during the gating cycle. However, it was unclear if crystal packing forces played a role in stabilizing the two-fold symmetric arrangement of the channel. Here, we employ cryo-EM to elucidate the structure of full-length rabbit TRPV2 in complex with the agonist resiniferatoxin (RTx) in nanodiscs and amphipol. We show that RTx induces two-fold symmetric conformations of TRPV2 in both environments. However, the two-fold symmetry is more pronounced in the native-like lipid environment of the nanodiscs. Our data offers insights into a gating pathway in TRPV2 involving symmetry transitions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 415.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 332.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88722.680 Da / 分子数: 4 / 変異: F470S, L505M, L508T, Q528E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G1SNM3 #2: 化合物 | ChemComp-6EU / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TRPV2 / タイプ: COMPLEX 詳細: TRPV2 in complex with RTx reconstituted into amphipol A8-35 Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.300 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() 細胞: Sf9 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: TRPV2 in complex with RTx reconstituted into amphipol A8-35, monodisperse | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 296 K / 詳細: Blotted 3 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 1293 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101570 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5AN8 PDB chain-ID: A / Accession code: 5AN8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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