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- PDB-6ons: Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ons
タイトルCrystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehydrogenase with the D-cluster ligating cysteines mutated to alanines, coexpressed with CooC, as-isolated
要素Carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nickel-iron-sulfur (Ni-Fe-S) cluster / iron-sulfur (Fe-S) cluster / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase / Carbon monoxide dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.485 Å
データ登録者Cohen, S.E. / Wittenborn, E.C. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069857 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008334 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural insight into metallocofactor maturation in carbon monoxide dehydrogenase.
著者: Wittenborn, E.C. / Cohen, S.E. / Merrouch, M. / Leger, C. / Fourmond, V. / Dementin, S. / Drennan, C.L.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4143
ポリマ－67,6521
非ポリマー7622
水45025
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The wild-type enzyme has been well characterized as a dimer of near C2 symmetry. This mutant construct shows true C2 symmetry, and the dimer is made by crystallographic symmetry.
  • 137 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8276
ポリマ－135,3042
非ポリマー1,5244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area35160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.544, 100.609, 65.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase


分子量: 67651.766 Da / 分子数: 1 / 変異: C50A,C53A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: Deval_1949
発現宿主: Desulfovibrio fructosivorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0E0T3I2, UniProt: Q72A99*PLUS, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200-275 mM magnesium chloride, 14-20% v/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7379 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7379 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 38000 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.219 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 113931
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.48-2.5720.59836370.4720.50.7830.98988.6
2.57-2.672.30.5636760.6060.4380.7150.94190.8
2.67-2.792.50.55536290.6990.4070.6921.01789.4
2.79-2.943.10.56638040.7310.3710.6791.04293.2
2.94-3.123.30.39938330.8370.2570.4770.98794.7
3.12-3.373.20.28938600.8810.1870.3461.1194.4
3.37-3.73.20.19737740.9270.1280.2361.0993.4
3.7-4.243.40.14939740.9590.0930.1760.98197.3
4.24-5.343.30.12438640.9630.0790.1480.8894.6
5.34-503.60.13139490.9640.0810.1550.80797.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.36 Å45.42 Å
Translation6.36 Å45.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6B6V

6b6v


解像度: 2.485→45.416 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1895 4.99 %
Rwork0.2067 --
obs0.2087 37976 93.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.99 Å2 / Biso mean: 41.5052 Å2 / Biso min: 26.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.485→45.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4481 0 16 25 4522
Biso mean--42.52 40.17 -
残基数----621
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4846-2.54670.31591210.30322377249885
2.5467-2.61560.30831330.28962473260689
2.6156-2.69250.3131300.27582512264291
2.6925-2.77940.31781290.26722500262990
2.7794-2.87870.28051290.26132528265791
2.8787-2.9940.26811470.25632597274494
2.994-3.13020.31561320.25182604273695
3.1302-3.29520.30041410.23442619276094
3.2952-3.50160.32051240.22332559268393
3.5016-3.77180.20771480.20132635278395
3.7718-4.15120.24021400.17072710285097
4.1512-4.75130.19051400.15492679281997
4.7513-5.9840.20071290.18252616274594
5.984-45.42330.22491520.17762672282497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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