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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ong | ||||||
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タイトル | Dehaloperoxidate B in complex with substrate 4-F-cresol | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase B | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / peroxidase activity / oxygen binding / heme cofactor | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T. / McGuire, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The multifunctional globin dehaloperoxidase strikes again: Simultaneous peroxidase and peroxygenase mechanisms in the oxidation of EPA pollutants. 著者: Malewschik, T. / de Serrano, V. / McGuire, A.H. / Ghiladi, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 282分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MWM.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MWM.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulphate, Na cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→44.55 Å / Num. obs: 49099 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.457 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3539 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.15 / Rrim(I) all: 0.36 / % possible all: 99.84 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.522 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.42→44.55 Å
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拘束条件 |
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