PDB-6omz: Crystal Structure of Dihydropteroate synthase from Mycobacterium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6omz

タイトル

Crystal Structure of Dihydropteroate synthase from Mycobacterium smegmatis with bound 6-hydroxymethylpterin-monophosphate

要素

Dihydropteroate synthase

キーワード

LIGASE / SSGCID / PMM / dihydropteroate synthase / ptp / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydropteroate synthase from Mycobacterium smegmatis with bound 6-hydroxymethylpterin-monophosphate
著者: Bolejack, M.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6omz.cif.gz	129.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6omz.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6omz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6omz_validation.pdf.gz	664 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6omz_full_validation.pdf.gz	665.5 KB	表示
XML形式データ	6omz_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	6omz_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/6omz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/6omz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eyeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rlp-2 3rlr-2 3k98-2 1osf-d 7cof-d 3vc1-4 4gx9-3 7cog-3 4lip-2 1hqd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.720, 96.410, 135.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-611- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase 分子量: 30517.586 Da / 分子数: 1 / 断片: MysmA.01019.b.B2 / 変異: G281E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain MKD8) (バクテリア) 株: MKD8 / 遺伝子: D806_059810 / Variant: MKD8 / プラスミド: MysmA.01019.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U9PYL8, dihydropteroate synthase

#1: タンパク質

Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase

分子量: 30517.586 Da / 分子数: 1 / 断片: MysmA.01019.b.B2 / 変異: G281E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (strain MKD8) (バクテリア)
株: MKD8 / 遺伝子: D806_059810 / Variant: MKD8 / プラスミド: MysmA.01019.b.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U9PYL8, dihydropteroate synthase

-
非ポリマー , 5種, 335分子

#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PMM / PTERIN-6-YL-METHYL-MONOPHOSPHATE / 6-ヒドロキシメチルプテリン一りん酸分子量: 273.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₅O₅P
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: MysmA.01019.b.B1.PW38386 was crystallized at 14 mg/mL and 14 ??C with 2.5 mM 6-Hydroxymethylpterin-monophosphate and mixed 1:1 with a solution of 0.2 M ammonium citrate dibasic pH 5.0 and 20% ...詳細: MysmA.01019.b.B1.PW38386 was crystallized at 14 mg/mL and 14 ??C with 2.5 mM 6-Hydroxymethylpterin-monophosphate and mixed 1:1 with a solution of 0.2 M ammonium citrate dibasic pH 5.0 and 20% (w/v) PEG3350, 20% ethylene glycol cryo. Tray: 308720f3, puck: bqx9-6.

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: MysmA.01019.b.B1.PW38386 was crystallized at 14 mg/mL and 14 ??C with 2.5 mM 6-Hydroxymethylpterin-monophosphate and mixed 1:1 with a solution of 0.2 M ammonium citrate dibasic pH 5.0 and 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月11日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→32.904 Å / Num. obs: 26566 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.907 % / B_iso Wilson estimate: 26.165 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 19.72 / Num. measured all: 183484

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	5.073	0.5	3.03	8355	1959	1647	0.856	0.555	84.1
1.9-1.95	5.524	0.405	4.03	9788	1907	1772	0.906	0.446	92.9
1.95-2.01	6.522	0.341	5.65	12411	1908	1903	0.938	0.371	99.7
2.01-2.07	7.361	0.274	7.62	13419	1824	1823	0.974	0.295	99.9
2.07-2.14	7.363	0.215	9.48	12811	1740	1740	0.983	0.232	100
2.14-2.21	7.305	0.175	11.61	12499	1714	1711	0.987	0.189	99.8
2.21-2.29	7.324	0.153	13.19	12055	1646	1646	0.989	0.165	100
2.29-2.39	7.286	0.137	14.47	11651	1600	1599	0.991	0.147	99.9
2.39-2.49	7.285	0.106	18.06	11030	1514	1514	0.994	0.115	100
2.49-2.62	7.217	0.095	19.72	10630	1475	1473	0.995	0.103	99.9
2.62-2.76	7.261	0.084	21.8	10114	1398	1393	0.997	0.091	99.6
2.76-2.93	7.223	0.074	25.02	9506	1320	1316	0.997	0.08	99.7
2.93-3.13	7.142	0.059	30.13	8885	1248	1244	0.998	0.064	99.7
3.13-3.38	7.089	0.046	35.69	8365	1183	1180	0.998	0.05	99.7
3.38-3.7	7.128	0.041	39.78	7549	1064	1059	0.999	0.044	99.5
3.7-4.14	6.991	0.036	44.1	6949	997	994	0.999	0.039	99.7
4.14-4.78	7.045	0.031	47.22	6136	872	871	0.999	0.033	99.9
4.78-5.85	6.999	0.032	45.9	5186	742	741	0.999	0.034	99.9
5.85-8.27	6.795	0.028	46.02	4002	589	589	0.999	0.031	100
8.27-32.904	6.105	0.025	52.58	2143	356	351	0.999	0.027	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EYE

1eye

解像度: 1.85→32.904 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1861	2094	7.89 %	RANDOM, 0
R_work	0.1509	-	-	-
obs	0.1537	26556	98.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.904 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1996	0	80	323	2399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	2927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.696	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8501-1.8931	0.2547	120	0.2207	1355	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8931-1.9404	0.271	123	0.1986	1497	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9404-1.9929	0.2336	155	0.1776	1653	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9929-2.0515	0.2364	117	0.1773	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0515-2.1177	0.1984	136	0.1687	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.1934	0.209	144	0.1583	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1934-2.2812	0.1846	157	0.1524	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2812-2.385	0.1726	133	0.1488	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.5107	0.1862	162	0.1485	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.6679	0.1889	133	0.1507	1668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6679-2.8738	0.2007	139	0.1546	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8738-3.1628	0.1997	143	0.1487	1678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1628-3.62	0.1788	123	0.1393	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.5589	0.1463	145	0.1238	1693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5589-32.9088	0.1658	164	0.15	1766	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9973	-4.7842	-2.4562	8.6139	2.1335	6.0894	0.2326	0.2924	0.3645	0.0049	-0.2384	-0.168	-0.0223	-0.2341	0.0267	0.1401	-0.0251	-0.0066	0.0639	0.0203	0.1245	-3.5409	58.443	15.2154
2	7.3448	-5.8404	-0.9406	4.7644	0.9889	1.9892	-0.0476	0.3633	-0.2398	-0.055	-0.1826	0.6632	0.0424	-0.4716	0.1605	0.1657	-0.0401	-0.0113	0.2256	-0.0253	0.2444	-14.3551	57.4546	17.6974
3	2.6281	0.932	0.0414	0.5128	0.7799	3.2272	-0.0919	-0.0307	0.4448	0.2948	0.0722	0.1138	-0.4869	-0.1888	0.0345	0.1495	0.0163	0.0441	0.1382	-0.0053	0.1603	-5.4124	66.7654	15.0968
4	4.105	-1.5345	0.047	6.0876	-1.6044	5.6065	-0.0504	-0.2127	0.1309	0.2561	0.0638	0.0839	-0.0501	-0.0481	0.0001	0.0953	0.0142	0.009	0.1334	-0.0284	0.0651	-4.3068	65.2217	25.8514
5	4.5869	-0.4977	1.3957	6.4394	0.7527	4.7735	0.0274	-0.2527	0.2075	0.1251	-0.0265	0.0307	-0.2608	0.2161	0.0168	0.0746	-0.0143	0.0154	0.1291	-0.0067	0.0858	6.9407	69.6065	23.0892
6	3.8893	1.0118	-0.0476	0.2819	-0.2161	1.5535	0.0346	-0.1209	0.7316	0.0146	0.0339	-0.1107	-0.3638	-0.1426	-0.0886	0.2211	0.0152	0.0328	0.1279	0.0126	0.2371	6.9752	78.4982	3.8879
7	0.8562	0.4583	-0.2479	1.9548	0.6171	1.4229	-0.003	-0.0133	0.007	-0.0777	0.0734	-0.0267	-0.0356	0.0695	-0.0702	0.071	0.0086	0.0013	0.095	0.0022	0.0839	8.7105	62.7227	6.4108
8	6.0607	-1.8255	-1.1453	3.2689	1.0624	1.2698	-0.0885	-0.3041	-0.2427	0.2089	0.1971	-0.0462	0.3564	0.1516	-0.1439	0.1993	0.0087	-0.0177	0.098	-0.0021	0.0877	9.0261	40.8009	7.3159

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 69 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 107 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 108 through 138 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 139 through 156 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 157 through 264 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 265 through 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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