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- PDB-6omi: Crystal structure of the Legionella effector protein MavL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6omi
タイトルCrystal structure of the Legionella effector protein MavL
要素MavL
キーワードHYDROLASE / ADP-ribosyltransferase (ART) / macrodomain / Secreted bacterial effector protein
機能・相同性BROMIDE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.643 Å
データ登録者Cygler, M. / Voth, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)412613 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Legionella Effector protein MavL
著者: Cygler, M. / Voth, K.
履歴
登録2019年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MavL
B: MavL
C: MavL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4305
ポリマ－133,2703
非ポリマー1602
水25214
1
A: MavL
B: MavL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9273
ポリマ－88,8472
非ポリマー801
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27770 Å2
手法PISA
2
C: MavL
ヘテロ分子

C: MavL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0064
ポリマ－88,8472
非ポリマー1602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area2330 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.619, 138.009, 108.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-501-

BR

21C-605-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MavL


分子量: 44423.336 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 42-435 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2526 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZSJ1
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.23 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.993054 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.993054 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.643→48.77 Å / Num. obs: 41740 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 1.998 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.53
反射 シェル解像度: 2.643→2.738 Å / Rmerge(I) obs: 1.387 / Num. unique obs: 4058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.643→45.14 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 1249 2.99 %
Rwork0.2114 --
obs0.2126 41718 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.643→45.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8092 0 2 14 8108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56411319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3534841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.643-2.74860.37611380.33414359X-RAY DIFFRACTION97
2.7486-2.87370.37231280.31294482X-RAY DIFFRACTION99
2.8737-3.02520.38071500.28764509X-RAY DIFFRACTION99
3.0252-3.21470.30781410.27924449X-RAY DIFFRACTION99
3.2147-3.46280.30751330.25154481X-RAY DIFFRACTION99
3.4628-3.81120.25061410.22094517X-RAY DIFFRACTION100
3.8112-4.36240.2571410.18134537X-RAY DIFFRACTION100
4.3624-5.49490.19271360.17734540X-RAY DIFFRACTION100
5.4949-48.770.2291410.19674595X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1686-0.63350.73893.1318-0.12463.98530.2808-0.0151-0.53670.06040.0169-0.28130.6960.4112-0.22110.91540.4024-0.18110.6239-0.15530.863566.173842.81718.6459
23.21860.02990.92192.2782-0.22393.0124-0.0906-0.23380.246-0.2383-0.23580.2112-0.5479-0.74890.28210.73370.4361-0.02190.8609-0.13320.610851.69573.585226.6803
33.1610.30490.06572.7249-0.50793.04120.5005-1.63050.01770.3946-0.3461-0.23660.0977-0.1324-0.14920.5643-0.17350.01341.4148-0.00350.733682.805172.077166.3126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 41 through 404)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 40 through 404)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 40 through 403)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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