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- PDB-6ome: Crystal structure of a probable cytosol aminopeptidase (Leucine a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ome
タイトルCrystal structure of a probable cytosol aminopeptidase (Leucine aminopeptidase, LAP) from Chlamydia trachomatis D/UW-3/Cx
要素Probable cytosol aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / NIAID / structural genomics / cytosolic / leucyl aminopeptidase / LAP / zinc-dependent / metalloprotease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like ...Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal / Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain / Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / LEUCINE / Probable cytosol aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a probable cytosol aminopeptidase (Leucine aminopeptidase, LAP) from Chlamydia trachomatis D/UW-3/Cx
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2019年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,12515
ポリマ－55,3571
非ポリマー76714
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Probable cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Probable cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子

A: Probable cytosol aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,37445
ポリマ－166,0723
非ポリマー2,30142
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12920 Å2
ΔGint-466 kcal/mol
Surface area51990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.960, 137.960, 128.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

SO4

21A-503-

SO4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable cytosol aminopeptidase / Leucine aminopeptidase / LAP / Leucyl aminopeptidase


分子量: 55357.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: pepA, CT_045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O84049, leucyl aminopeptidase, bacterial leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 8種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ChtrB.00799.a.B1.PW38523 at 16.07 mg/mL with 2 mM L-Leucine set up against MCSG3 screen condition C8: 0.1 M Tris pH 8.5, 3.2 M NaCl; supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant; ...詳細: ChtrB.00799.a.B1.PW38523 at 16.07 mg/mL with 2 mM L-Leucine set up against MCSG3 screen condition C8: 0.1 M Tris pH 8.5, 3.2 M NaCl; supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant; unique puck ID ejv5-2, crystal tracking ID 305504c8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.158 Å / Num. obs: 52788 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.566 % / Biso Wilson estimate: 35.256 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 27.75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-214.820.575.2738440.950.591100
2-2.0614.7810.4526.7437380.9640.468100
2.06-2.1214.7920.3768.0636510.9770.3999.9
2.12-2.1814.8110.3019.8735120.9830.312100
2.18-2.2514.8160.23112.7134460.9910.239100
2.25-2.3314.8230.1915.2633330.9930.196100
2.33-2.4214.7910.15717.8232270.9960.163100
2.42-2.5214.7690.13520.5630980.9960.14100
2.52-2.6314.7630.1124.1229580.9980.114100
2.63-2.7614.7320.09328.4228710.9980.097100
2.76-2.9114.6820.07633.8227240.9980.079100
2.91-3.0814.5810.06538.7625840.9990.067100
3.08-3.314.5320.05445.8524400.9990.056100
3.3-3.5614.3810.04552.122780.9990.047100
3.56-3.914.1990.0457.4521060.9990.042100
3.9-4.3614.0270.03561.72191810.037100
4.36-5.0313.9370.03364.9917150.9990.034100
5.03-6.1713.8020.03463.18147010.035100
6.17-8.7213.3620.03264117610.033100
8.72-45.15811.7020.0363.766990.9990.03198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.15_3459)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zi6

4zi6


解像度: 1.95→45.158 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1714 3108 6.04 %
Rwork0.1427 --
obs0.1444 51435 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.56 Å2 / Biso mean: 37.8511 Å2 / Biso min: 16.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→45.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3731 0 38 364 4133
Biso mean--48.72 43.71 -
残基数----499
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.98050.20321160.16912078219493
1.9805-2.01290.20311440.15852038218293
2.0129-2.04760.19281360.14722101223795
2.0476-2.08490.19861390.15712074221394
2.0849-2.1250.2151020.15262126222894
2.125-2.16830.19081480.15162100224895
2.1683-2.21550.18471370.13922147228497
2.2155-2.2670.17491570.13822148230597
2.267-2.32370.17181370.14172180231798
2.3237-2.38650.17831390.14022182232197
2.3865-2.45680.16241410.14262152229398
2.4568-2.53610.18121520.14462214236699
2.5361-2.62670.17041460.14812181232798
2.6267-2.73180.16011390.14722217235699
2.7318-2.85620.16681410.14652247238899
2.8562-3.00670.16791430.14872227237099
3.0067-3.1950.17631540.14762245239999
3.195-3.44170.17281380.147422562394100
3.4417-3.78780.15841440.135722862430100
3.7878-4.33560.16451550.127123012456100
4.3356-5.46090.14531460.12623392485100
5.4609-45.17010.18861540.157324882642100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.79543.44816.51988.04926.63417.31620.1139-0.0931-0.0070.0266-0.20060.09270.2093-0.30350.08560.5104-0.11710.08790.577-0.02520.430574.496845.661826.3406
23.3874-0.4576-0.79473.06790.0542.98-0.3035-0.51720.37480.64710.20440.5291-0.2253-0.33590.10050.44630.1786-0.00620.4229-0.06130.467633.700877.813627.3976
30.9721-1.168-0.26963.95210.61820.76340.05490.1361-0.0857-0.3487-0.17530.9639-0.15-0.2320.12880.28520.0709-0.10430.2917-0.05010.411737.632765.066414.0889
40.8815-0.1754-0.07920.73380.10860.7134-0.01760.14630.1831-0.1227-0.05510.0003-0.1613-0.04760.06690.22360.0003-0.05980.17120.04910.190467.260765.593711.7378
52.9870.7797-0.43752.8511-0.09971.0922-0.041-0.00390.28640.0102-0.0865-0.0292-0.2294-0.04150.08310.27190.0389-0.10270.17130.00990.192260.176671.288818.315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 514 through 514 )A514
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 135 )A1 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 161 )A136 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 162 through 452 )A162 - 452
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 453 through 499 )A453 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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