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- PDB-6oko: Crystal structure of mRIPK3 complexed with N-(3-fluoro-4-{1H-pyrr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oko
タイトルCrystal structure of mRIPK3 complexed with N-(3-fluoro-4-{1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yloxy}phenyl)-1-(4-fluorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / kinase / RIPK3 / RIP3
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / Regulation of necroptotic cell death ...RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / Regulation of necroptotic cell death / regulation of type II interferon production / programmed necrotic cell death / necroptotic signaling pathway / TRP channels / positive regulation of necroptotic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / activation of protein kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / T cell homeostasis / necroptotic process / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / amyloid fibril formation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein-containing complex binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1FN / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pokross, M.E.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Identification of RIPK3 Type II Inhibitors Using High-Throughput Mechanistic Studies in Hit Triage.
著者: Hart, A.C. / Abell, L. / Guo, J. / Mertzman, M.E. / Padmanabha, R. / Macor, J.E. / Chaudhry, C. / Lu, H. / O'Malley, K. / Shaw, P.J. / Weigelt, C. / Pokross, M. / Kish, K. / Kim, K.S. / ...著者: Hart, A.C. / Abell, L. / Guo, J. / Mertzman, M.E. / Padmanabha, R. / Macor, J.E. / Chaudhry, C. / Lu, H. / O'Malley, K. / Shaw, P.J. / Weigelt, C. / Pokross, M. / Kish, K. / Kim, K.S. / Cornelius, L. / Douglas, A.E. / Calambur, D. / Zhang, P. / Carpenter, B. / Pitts, W.J.
履歴
登録2019年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3434
ポリマ－72,4272
非ポリマー9172
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.760, 52.750, 103.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 / RIP-like protein kinase 3 / Receptor-interacting protein 3 / mRIP3


分子量: 36213.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ripk3, Rip3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9QZL0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1FN / 1-(4-fluorophenyl)-N-[3-fluoro-4-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yloxy)phenyl]-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide


分子量: 458.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H16F2N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18-22% w/v PEG3350, 10-15 mM L-proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月4日 / 詳細: ???
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.53 Å / Num. obs: 34398 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 46.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.35 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 9702 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→39.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9555 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9501 / SU R Cruickshank DPI: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1984 1807 5.25 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1808 34396 98.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8252 Å20 Å20.383 Å2
2---9.8567 Å20 Å2
3---6.0314 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.317 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 0 68 202 4264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.015754HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1362SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes708HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4197HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion516SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4720SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 168 6.12 %
Rwork0.2135 2575 -
all0.2148 2743 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37440.65560.30840.8876-0.13412.46370.05630.0193-0.09860.0086-0.1894-0.04770.0115-0.15230.1332-0.11380.0072-0.0179-0.1103-0.0177-0.16993.86856.8243-25.0882
24.73430.1993-0.50941.8344-0.14232.3464-0.0550.0422-0.0340.1436-0.0434-0.4775-0.01340.6980.0985-0.2803-0.034-0.07470.08290.1092-0.172331.46658.0065-15.1864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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