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- PDB-6ok4: Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ok4
タイトルCrystal Structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) from Chlamydia trachomatis with bound NAD
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / NAD / strain D/UW-3/Cx / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structures of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase in Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis.
著者: Barrett, K.F. / Dranow, D.M. / Phan, I.Q. / Michaels, S.A. / Shaheen, S. / Navaluna, E.D. / Craig, J.K. / Tillery, L.M. / Choi, R. / Edwards, T.E. / Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Horanyi, P. ...著者: Barrett, K.F. / Dranow, D.M. / Phan, I.Q. / Michaels, S.A. / Shaheen, S. / Navaluna, E.D. / Craig, J.K. / Tillery, L.M. / Choi, R. / Edwards, T.E. / Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Van Voorhis, W.C. / Zhang, Z. / Barrett, L.K. / Subramanian, S. / Staker, B. / Fan, E. / Myler, P.J. / Soge, O.O. / Hybiske, K. / Ojo, K.K.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,06934
ポリマ－149,4554
非ポリマー4,61430
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23830 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area43700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.470, 135.290, 137.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 0 and (name N or name...
21(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...
31(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...
41(chain D and ((resid 0 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 0 and (name N or name...A0
121(chain A and ((resid 0 and (name N or name...A-1 - 801
131(chain A and ((resid 0 and (name N or name...A-1 - 801
141(chain A and ((resid 0 and (name N or name...A-1 - 801
151(chain A and ((resid 0 and (name N or name...A-1 - 801
211(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B0 - 16
221(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B18 - 51
231(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B53 - 57
241(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B59 - 102
251(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B0 - 901
261(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B0 - 901
271(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B0 - 901
281(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B0 - 901
291(chain B and (resid 0 through 16 or resid 18...B0 - 901
311(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...C0 - 16
321(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...C18 - 26
331(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...C27
341(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...C-1 - 1601
351(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...C-1 - 1601
361(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...C-1 - 1601
371(chain C and (resid 0 through 16 or resid 18...C-1 - 1601
411(chain D and ((resid 0 and (name N or name...D0
421(chain D and ((resid 0 and (name N or name...D-1 - 701
431(chain D and ((resid 0 and (name N or name...D-1 - 701
441(chain D and ((resid 0 and (name N or name...D-1 - 701
451(chain D and ((resid 0 and (name N or name...D-1 - 701

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH / NAD-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 37363.684 Da / 分子数: 4 / 断片: ChtrB.00839.a.B1 / 変異: V71I, H72R, V105A, V292I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: gap, gapA, CT_505 / プラスミド: ChtrB.00839.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0CE13, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)

-
非ポリマー , 6種, 458分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ChtrB.00839.a.B1.PW38497 (in 25 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 5% Glycerol , 2 mM DTT, and 0.025% Azide) at 17.29 mg/ml was incubated with 4 mM NAD and a small molecule (that is not in the ...詳細: ChtrB.00839.a.B1.PW38497 (in 25 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 5% Glycerol , 2 mM DTT, and 0.025% Azide) at 17.29 mg/ml was incubated with 4 mM NAD and a small molecule (that is not in the electron density), then was mixed 1:1 with MCSG1(b9): 20% (w/v) PEG-3350, 0.2 M MgCl2, cryo: 20% ethylene glycol. Tray: 307039b9, puck: unc3-9.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月28日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.688 Å / Num. obs: 63802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.24 % / Biso Wilson estimate: 37.013 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 11.62 / Num. measured all: 398110 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.466.3090.6143.0629419466446630.8570.671100
2.46-2.536.3150.5063.6728542452045200.9130.553100
2.53-2.66.3030.4164.4128029444744470.9390.454100
2.6-2.686.3180.3784.8727062428542830.9420.413100
2.68-2.776.3120.3195.5426396418341820.9720.349100
2.77-2.876.3040.2726.5425499404640450.970.297100
2.87-2.986.3070.237.5124641390739070.9810.251100
2.98-3.16.2920.1899.0323568374637460.9830.207100
3.1-3.246.2840.17210.122591359535950.9820.188100
3.24-3.396.2770.13412.2321706345934580.9890.146100
3.39-3.586.2580.10514.8520695330733070.9930.115100
3.58-3.796.2510.09316.8519541312831260.9940.10299.9
3.79-4.066.2170.0818.7418259293929370.9960.08799.9
4.06-4.386.1860.06721.817048275627560.9960.073100
4.38-4.86.1780.05824.4715685254025390.9970.064100
4.8-5.376.1350.06223.1114122230423020.9970.06899.9
5.37-6.26.0910.06621.2212553206420610.9970.07399.9
6.2-7.595.9950.06223.2610473174717470.9960.068100
7.59-10.735.8470.04528.498122139013890.9980.04999.9
10.73-49.6885.2510.04328.3141598147920.9970.04897.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PYM

3pym


解像度: 2.4→49.688 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.95
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 3566 5.99 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1743 59549 93.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.23 Å2 / Biso mean: 39.6749 Å2 / Biso min: 11.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9876 0 295 430 10601
Biso mean--50.45 37.01 -
残基数----1335
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5837X-RAY DIFFRACTION5.757TORSIONAL
12B5837X-RAY DIFFRACTION5.757TORSIONAL
13C5837X-RAY DIFFRACTION5.757TORSIONAL
14D5837X-RAY DIFFRACTION5.757TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3999-2.43280.32791260.26961973209983
2.4328-2.46750.30741470.25032028217585
2.4675-2.50440.26931310.24141993212486
2.5044-2.54350.27031190.23092121224088
2.5435-2.58520.27741360.22152058219488
2.5852-2.62980.25541290.20862102223188
2.6298-2.67760.21351390.20812100223989
2.6776-2.72910.28051330.20442097223089
2.7291-2.78480.25091290.19812186231591
2.7848-2.84530.26381190.19082171229091
2.8453-2.91150.23531510.18432201235293
2.9115-2.98430.21711590.19332231239094
2.9843-3.0650.2771470.18512254240194
3.065-3.15520.23011590.19252232239195
3.1552-3.2570.23391540.18142280243496
3.257-3.37340.22031400.17792316245697
3.3734-3.50840.1911250.1722355248097
3.5084-3.6680.20281500.15722348249898
3.668-3.86130.20261540.16252352250698
3.8613-4.10320.16181440.14772387253198
4.1032-4.41980.15141600.12152371253199
4.4198-4.86420.14991440.12482424256899
4.8642-5.56730.1771650.14362414257999
5.5673-7.0110.19531280.17362457258598
7.011-49.69840.18821780.16792532271098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1762-0.2163-0.66731.20041.16792.9857-0.0190.3549-0.2081-0.0869-0.02150.02470.1531-0.06190.03950.2905-0.01380.00740.29280.01220.132-3.51421.6173-55.9874
21.9920.18640.02320.43390.07420.502-0.07770.12980.1114-0.03440.0009-0.1036-0.02260.10340.08770.20730.02140.02010.13860.02370.14489.231111.1596-37.2641
31.83020.094-0.08370.10620.28051.1096-0.016-1.09330.70330.24990.0620.0106-0.2570.24150.01240.47690.00850.00420.8768-0.25870.3835-5.87817.92942.2661
41.36910.09840.01360.4561-0.23830.5225-0.0394-0.58690.04350.0923-0.0175-0.10010.01090.01890.06080.23990.002-0.02790.3317-0.00990.14897.92557.7161-14.7419
51.85931.26120.14353.425-0.69351.6707-0.1537-0.2443-0.75830.2485-0.0471-0.16060.44620.16160.14850.35680.0440.08110.22240.09810.3771-14.6161-15.8552-18.8663
62.63060.94790.68644.85472.75365.86790.14290.3084-0.96320.093-0.2571-0.32930.7236-0.2569-0.04720.52530.11840.15140.36280.05980.8107-11.0683-25.1513-23.3124
72.5886-1.0365-0.29784.03240.21982.19510.04450.6556-1.1691-0.5668-0.10390.17340.42290.04010.05590.4915-0.0321-0.01260.3147-0.10820.628-30.8881-20.6519-27.6702
81.9605-0.0109-0.50090.2898-0.22740.7378-0.0525-0.1493-0.1652-0.00920.04760.03350.0697-0.1203-0.01830.2196-0.02110.00060.1590.00860.1412-33.58131.1066-22.3146
91.40280.11760.25672.48740.19920.23530.1019-0.28341.0720.2257-0.1137-0.1017-0.34320.0187-0.03380.4318-0.02960.00690.2592-0.07360.7599-15.449740.6061-31.4614
101.6563-0.0428-0.12510.3565-0.10430.8837-0.00030.16770.4569-0.03450.02910.0145-0.1327-0.1501-0.02660.2260.02640.00530.15560.02720.2536-32.745922.36-34.3391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 149 )A-1 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 332 )A150 - 332
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 0 through 149 )B0 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 150 through 332 )B150 - 332
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid -1 through 57 )C-1 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 58 through 84 )C58 - 84
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 85 through 149 )C85 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 150 through 332 )C150 - 332
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid -1 through 128 )D-1 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 129 through 332 )D129 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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