PDB-6ojs: Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ojs

タイトル

Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in complex with NADPH, FdUMP, MTX and 2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-methyl-phenyl-D-glutamic acid

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / TS / TS-DHFR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.214 Å

データ登録者

Czyzyk, D.J. / Anderson, K.S. / Jorgensen, W.L. / Valhondo, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI083146	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	5T32AI007404	米国

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Understanding the structural basis of species selective, stereospecific inhibition for Cryptosporidium and human thymidylate synthase.
著者: Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ojs.cif.gz	520.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ojs.ent.gz	424.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ojs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ojs_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ojs_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	6ojs_validation.xml.gz	94.7 KB	表示
CIF形式データ	6ojs_validation.cif.gz	118.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ojuC 6ojvC 4q0dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pfb-2 6pfi-2 3dl6-1 6pfe-3 6pfd-2 6pf7-2 6pfi-3 3dl6-3 4q0e-1 6pfg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

311 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	212.622, 116.188, 220.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) 遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PA-414 / 参照: UniProt: A0A0S4TER9
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂FN₂O₈P / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-D96 / N-{4-[(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl]benzene-1-carbonyl}-D-glutamic acid 分子量: 413.384 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₅O₆
#5: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.5 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Well solution 22% PEG 6000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.06 M lithium sulfate, 0.1 M Tris Drop ratio 2:1 Enzyme mix/well solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.21→51 Å / Num. obs: 85851 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.983 / R_sym value: 0.317 / Net I/σ(I): 4.98
反射シェル	解像度: 3.21→3.41 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 12774 / CC_1/2: 0.616 / R_sym value: 1.734 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q0D

4q0d

解像度: 3.214→50.121 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2317	4282	5 %
R_work	0.2179	-	-
obs	0.2186	85687	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.214→50.121 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20266	0	660	0	20926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	21446
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.502	29177
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.08	12445
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	3135
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2142-3.2507	0.4376	83	0.4313	1576	X-RAY DIFFRACTION	57
3.2507-3.289	0.3641	145	0.3602	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
3.289-3.3291	0.3631	144	0.3588	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3291-3.3712	0.3464	145	0.3431	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3712-3.4155	0.3343	145	0.3337	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4155-3.4623	0.4103	144	0.3502	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4623-3.5118	0.3219	143	0.3084	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5118-3.5642	0.3272	146	0.2981	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5642-3.6199	0.3428	141	0.2943	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6199-3.6792	0.2979	146	0.2776	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6792-3.7426	0.2845	143	0.2627	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7426-3.8106	0.2299	143	0.2491	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8106-3.8839	0.2527	146	0.2533	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8839-3.9632	0.274	144	0.2504	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9632-4.0493	0.2374	146	0.2347	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0493-4.1434	0.2643	143	0.2291	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1434-4.247	0.2188	145	0.2014	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
4.247-4.3618	0.2091	144	0.1971	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3618-4.49	0.2071	146	0.1911	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
4.49-4.6349	0.205	141	0.1831	2676	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6349-4.8004	0.1855	144	0.1804	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8004-4.9924	0.2008	146	0.1755	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9924-5.2194	0.2068	146	0.1875	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2194-5.4943	0.2062	146	0.196	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4943-5.838	0.2357	146	0.209	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
5.838-6.288	0.2181	145	0.208	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
6.288-6.9193	0.2249	146	0.2026	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9193-7.9172	0.1972	146	0.1793	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9172-9.962	0.1437	145	0.1505	2740	X-RAY DIFFRACTION	97
9.962-50.1272	0.1914	149	0.182	2860	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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