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- PDB-6ojo: Dihydroneopterin aldolase (DHNA) from Yersinia pestis co-crystall... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojo
タイトルDihydroneopterin aldolase (DHNA) from Yersinia pestis co-crystallized with pterine
要素7,8-dihydroneopterin aldolase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / folB folate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTERINE / 7,8-dihydroneopterin aldolase / 7,8-dihydroneopterin aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.886 Å
データ登録者Bourne, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1359457 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dihydroneopterin aldolase (DHNA) from Yersinia pestis co-crystallized with pterine
著者: Bourne, C.R.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
C: 7,8-dihydroneopterin aldolase
D: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2498
ポリマ－64,5974
非ポリマー6534
水7,873437
1
A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
C: 7,8-dihydroneopterin aldolase
D: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子

A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
C: 7,8-dihydroneopterin aldolase
D: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,49816
ポリマ－129,1938
非ポリマー1,3058
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area21660 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area37900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.086, 81.489, 96.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-401-

HOH

21C-407-

HOH

31D-398-

HOH

41D-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質
7,8-dihydroneopterin aldolase


分子量: 16149.166 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: y3531 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8CZR7, UniProt: A0A5P8YJX5*PLUS, dihydroneopterin aldolase
#2: 化合物
ChemComp-PE0 / PTERINE


分子量: 163.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BisTris pH 6.5 0.2 M CaCl2 0.05 M NaCl 47% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.886→41.557 Å / Num. obs: 45556 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 19.45 Å2 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.886→1.954 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4210 / Rrim(I) all: 0.584 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3r2e

3r2e


解像度: 1.886→41.557 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 2000 4.4 %
Rwork0.1841 --
obs0.1851 45479 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.29 Å2 / Biso mean: 22.2082 Å2 / Biso min: 8.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.886→41.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 48 437 4189
Biso mean--16.79 33.55 -
残基数----470
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.886-1.93280.271280.25462796292489
1.9328-1.9850.2691390.21193025316498
1.985-2.04340.22171420.23079322199
2.0434-2.10940.24041410.199730833224100
2.1094-2.18480.22281420.193130933235100
2.1848-2.27230.20811430.184831083251100
2.2723-2.37570.2221430.188831203263100
2.3757-2.50090.21211440.194731273271100
2.5009-2.65760.22381420.186131063248100
2.6576-2.86270.19231450.181831453290100
2.8627-3.15070.19871450.180131483293100
3.1507-3.60640.18471450.1631593304100
3.6064-4.54280.1571470.159732043351100
4.5428-41.56750.23461540.19333286344098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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