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- PDB-6ojk: Structure of YePL2A K291W in Complex with Tetragalacturonic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojk
タイトルStructure of YePL2A K291W in Complex with Tetragalacturonic Acid
要素Periplasmic pectate lyase
キーワードLYASE / pectin / (alpha/alpha)8
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides / pectin catabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #880 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 - #40 / Periplasmic pectate lyase / Periplasmic pectate lyase / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Glycosyltransferase - #20 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / SH3 type barrels. ...SH3 type barrels. - #880 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 - #40 / Periplasmic pectate lyase / Periplasmic pectate lyase / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Glycosyltransferase - #20 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic pectate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Jones, D.R. / Abbott, D.W.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: A surrogate structural platform informed by ancestral reconstruction and resurrection of a putative carbohydrate binding module hybrid illuminates the neofunctionalization of a pectate lyase.
著者: Jones, D.R. / McLean, R. / Hobbs, J.K. / Abbott, D.W.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2454
ポリマ－64,3991
非ポリマー8473
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.240, 94.930, 126.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic pectate lyase


分子量: 64398.828 Da / 分子数: 1 / 変異: K291W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: pelY, ERS137951_00187 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0T9S209
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 722.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2112A-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 1500, Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.25 Å / Num. obs: 112653 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04431 / Net I/σ(I): 17.27
反射 シェル解像度: 1.5→1.517 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4495 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 3490 / % possible all: 99.96

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v8k

2v8k


解像度: 1.5→46.224 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 18.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 5632 5 %
Rwork0.1733 --
obs0.174 112653 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4272 0 57 522 4851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.836066
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6022637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.25931840.25293490X-RAY DIFFRACTION100
1.517-1.53490.25081890.24373590X-RAY DIFFRACTION100
1.5349-1.55360.24331840.23343514X-RAY DIFFRACTION100
1.5536-1.57330.25011880.22653564X-RAY DIFFRACTION100
1.5733-1.5940.23161840.22693503X-RAY DIFFRACTION100
1.594-1.61580.25911890.21773576X-RAY DIFFRACTION100
1.6158-1.63890.22661840.20113522X-RAY DIFFRACTION100
1.6389-1.66340.21811870.19983545X-RAY DIFFRACTION100
1.6634-1.68940.19771860.19183533X-RAY DIFFRACTION100
1.6894-1.71710.20471850.19053526X-RAY DIFFRACTION100
1.7171-1.74670.2141870.18923544X-RAY DIFFRACTION100
1.7467-1.77840.22021860.1833545X-RAY DIFFRACTION100
1.7784-1.81260.19481890.17723573X-RAY DIFFRACTION100
1.8126-1.84960.19121840.17573515X-RAY DIFFRACTION100
1.8496-1.88990.19711900.17733598X-RAY DIFFRACTION100
1.8899-1.93380.17681860.17843532X-RAY DIFFRACTION100
1.9338-1.98220.21451880.17823568X-RAY DIFFRACTION100
1.9822-2.03580.20161860.17673542X-RAY DIFFRACTION100
2.0358-2.09570.18421870.17163558X-RAY DIFFRACTION100
2.0957-2.16330.17941890.16673592X-RAY DIFFRACTION100
2.1633-2.24060.19361870.16263540X-RAY DIFFRACTION100
2.2406-2.33040.17191890.16513593X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.43640.18391880.16983567X-RAY DIFFRACTION99
2.4364-2.56480.18521870.17483556X-RAY DIFFRACTION99
2.5648-2.72550.19471880.17423577X-RAY DIFFRACTION99
2.7255-2.93590.19471900.1763607X-RAY DIFFRACTION100
2.9359-3.23130.20171890.17863603X-RAY DIFFRACTION99
3.2313-3.69870.17981910.173614X-RAY DIFFRACTION99
3.6987-4.65930.16071920.14013661X-RAY DIFFRACTION99
4.6593-46.24630.14831990.1613766X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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