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- PDB-6ojd: A high-resolution crystal structure of covalent complex of NocB t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojd
タイトルA high-resolution crystal structure of covalent complex of NocB thioesterase domain with fluorophosphonate nocardicin G analog
要素NocB
キーワードHYDROLASE / Nonribosomal peptide synthetase (NRPS) / thioesterase / epimerization / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site ...Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nocardia uniformis subsp. tsuyamanensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM116957 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of a bound peptide phosphonate reveals the mechanism of nocardicin bifunctional thioesterase epimerase-hydrolase half-reactions.
著者: Patel, K.D. / d'Andrea, F.B. / Gaudelli, N.M. / Buller, A.R. / Townsend, C.A. / Gulick, A.M.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NocB
B: NocB
C: NocB
D: NocB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,91824
ポリマ－110,9764
非ポリマー2,94320
水7,026390
1
A: NocB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6128
ポリマ－27,7441
非ポリマー8687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NocB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5727
ポリマ－27,7441
非ポリマー8286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NocB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4806
ポリマ－27,7441
非ポリマー7365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NocB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2553
ポリマ－27,7441
非ポリマー5112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.680, 78.560, 146.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NocB


分子量: 27743.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nocardia uniformis subsp. tsuyamanensis (バクテリア)
遺伝子: nocB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5J1Q6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-MUY / (R)-[(S)-[(3S)-3-{[(2R)-2-amino-2-(4-hydroxyphenyl)acetyl]amino}-2-oxoazetidin-1-yl](4-hydroxyphenyl)methyl]methylphosphinic acid


分子量: 419.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N3O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.91 % / 解説: Thin plate-like crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 50mM CHES pH 9.0, 250mM CaCl2, 30% PEG 4K / PH範囲: 8.5-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 113.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→43.37 Å / Num. obs: 58017 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27.68 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Num. unique obs: 4265 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.402 / Rrim(I) all: 0.747 / Χ2: 0.86 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OJC

6ojc


解像度: 1.99→41.553 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 23.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2001 3.46 %Random selection
Rwork0.1876 ---
obs0.1889 57905 97.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→41.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6580 0 188 393 7161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9149479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1924000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561076
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.03980.36241460.29393960X-RAY DIFFRACTION98
2.0398-2.09490.27821390.25643944X-RAY DIFFRACTION98
2.0949-2.15660.26421530.2263978X-RAY DIFFRACTION99
2.1566-2.22620.22271320.20884004X-RAY DIFFRACTION99
2.2262-2.30580.27031530.2093959X-RAY DIFFRACTION98
2.3058-2.39810.2031390.18253997X-RAY DIFFRACTION99
2.3981-2.50720.22161460.16953979X-RAY DIFFRACTION98
2.5072-2.63940.20951490.16663997X-RAY DIFFRACTION98
2.6394-2.80470.23181400.17773981X-RAY DIFFRACTION98
2.8047-3.02120.22961360.16994003X-RAY DIFFRACTION98
3.0212-3.32510.21921400.17343970X-RAY DIFFRACTION97
3.3251-3.8060.18611490.16163971X-RAY DIFFRACTION96
3.806-4.7940.18561380.15684022X-RAY DIFFRACTION96
4.794-41.56230.25371410.22364139X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.4478 Å / Origin y: 28.7118 Å / Origin z: 22.3427 Å
111213212223313233
T0.1791 Å2-0.0084 Å20.0252 Å2-0.1647 Å20.0037 Å2--0.1801 Å2
L0.1136 °2-0.0675 °20.0258 °2-0.2918 °20.0282 °2--0.3765 °2
S0.0045 Å °0.0201 Å °-0.0052 Å °-0.0068 Å °-0.0047 Å °-0.0113 Å °-0.0163 Å °0.0019 Å °-0.0016 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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