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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oir | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MYST acetyltransferase domain in complex with inhibitor 62 | ||||||
要素 | Histone acetyltransferase KAT8 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / Complex / MYST / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MSL complex / histone H4K16 acetyltransferase activity / : / regulation of mRNA processing / myeloid cell differentiation / NSL complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex ...MSL complex / histone H4K16 acetyltransferase activity / : / regulation of mRNA processing / myeloid cell differentiation / NSL complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 神経発生 / regulation of autophagy / transcription coregulator activity / 動原体 / nuclear matrix / HATs acetylate histones / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Hermans, S.J. / Chung, M.C. / Parker, M.W. / Thomas, T. / Baell, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019 タイトル: Discovery of Benzoylsulfonohydrazides as Potent Inhibitors of the Histone Acetyltransferase KAT6A. 著者: Leaver, D.J. / Cleary, B. / Nguyen, N. / Priebbenow, D.L. / Lagiakos, H.R. / Sanchez, J. / Xue, L. / Huang, F. / Sun, Y. / Mujumdar, P. / Mudududdla, R. / Varghese, S. / Teguh, S. / Charman, ...著者: Leaver, D.J. / Cleary, B. / Nguyen, N. / Priebbenow, D.L. / Lagiakos, H.R. / Sanchez, J. / Xue, L. / Huang, F. / Sun, Y. / Mujumdar, P. / Mudududdla, R. / Varghese, S. / Teguh, S. / Charman, S.A. / White, K.L. / Katneni, K. / Cuellar, M. / Strasser, J.M. / Dahlin, J.L. / Walters, M.A. / Street, I.P. / Monahan, B.J. / Jarman, K.E. / Sabroux, H.J. / Falk, H. / Chung, M.C. / Hermans, S.J. / Parker, M.W. / Thomas, T. / Baell, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oir.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oir.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oir.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oir | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32140.057 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 176-448 / 変異: A142S, L145M, T146I, K157R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT8, MOF, MYST1, PP7073 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H7Z6, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MNJ / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 2% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→43.48 Å / Num. obs: 21626 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 7.2 % / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.103 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2120 / Rpim(I) all: 0.168 / % possible all: 99.72 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→43.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.891 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.191 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.03→43.48 Å
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拘束条件 |
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