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- PDB-6oil: Crystal structure of human VISTA extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oil
タイトルCrystal structure of human VISTA extracellular domain
要素V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
キーワードSIGNALING PROTEIN / T cell activation / transmembrane / suppressor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collagen catabolic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / zymogen activation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production ...positive regulation of collagen catabolic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / zymogen activation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / endopeptidase activator activity / regulation of immune response / positive regulation of cell migration / positive regulation of gene expression / enzyme binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Mehta, N. / Cochran, J.R. / Mathews, I.I.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Structure and Functional Binding Epitope of V-domain Ig Suppressor of T Cell Activation.
著者: Mehta, N. / Maddineni, S. / Mathews, I.I. / Andres Parra Sperberg, R. / Huang, P.S. / Cochran, J.R.
履歴
登録2019年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4903
ポリマ－19,0471
非ポリマー4422
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.169, 64.089, 37.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation / Platelet receptor Gi24 / Stress-induced secreted protein-1 / Sisp-1 / V-set domain-containing ...Platelet receptor Gi24 / Stress-induced secreted protein-1 / Sisp-1 / V-set domain-containing immunoregulatory receptor / V-set immunoregulatory receptor


分子量: 19047.223 Da / 分子数: 1 / 変異: N59Q, N76Q, D155E, N158Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VSIR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293 System / 参照: UniProt: Q9H7M9
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% PEG3350, 0.075M NaBr, 0.05M HAT buffer(combination of HEPES (7.5), ADA (6.5), and TrisHCl (8.0))
PH範囲: 6.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月19日 / 詳細: Si(111) monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→29.156 Å / Num. obs: 11704 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 9.222 % / Biso Wilson estimate: 37.395 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 107740
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.98.4371.4671.468430.6091.56296.2
1.9-1.959.531.1372.048570.7951.20299.2
1.95-2.019.4550.8722.618110.8150.92298.8
2.01-2.079.4320.6393.627980.9040.67598.9
2.07-2.149.3560.5364.347590.9450.56798.3
2.14-2.219.4190.3975.77560.9590.4299.2
2.21-2.299.1070.3067.127030.9820.32498.7
2.29-2.398.4550.2837.426900.9790.30197.5
2.39-2.499.230.2518.686610.9860.26699
2.49-2.629.6740.19411.026500.9910.20599.4
2.62-2.769.5830.15813.466040.9940.16799
2.76-2.939.3550.11617.375890.9960.12398.8
2.93-3.139.4290.09621.965220.9950.10298.7
3.13-3.388.8060.07826.234900.9960.08396.6
3.38-3.78.8690.06229.694590.9980.06595.4
3.7-4.149.4680.05235.724270.9980.055100
4.14-4.789.460.04739.223670.9990.04999.2
4.78-5.859.1420.04539.333170.9990.04897.5
5.85-8.278.7840.04537.692360.9990.04897.5
8.27-29.1569.2150.03941.651440.9990.042100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rosetta generated models

解像度: 1.85→29.156 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 605 5.17 %
Rwork0.1799 --
obs0.1821 11694 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.5 Å2 / Biso mean: 41.2578 Å2 / Biso min: 13.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→29.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1174 0 28 41 1243
Biso mean--74.2 43.28 -
残基数----148
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-2.03620.26371460.22582744289098
2.0362-2.33070.25051490.18962767291699
2.3307-2.9360.23931720.20162778295099
2.936-29.15940.19981380.16132800293898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.8608 Å / Origin y: 33.6278 Å / Origin z: 30.9665 Å
111213212223313233
T0.1694 Å20.003 Å20.0082 Å2-0.1458 Å20.0018 Å2--0.1519 Å2
L1.6248 °20.2335 °20.4678 °2-0.8509 °2-0.3127 °2--1.4671 °2
S0.0095 Å °-0.0895 Å °-0.0509 Å °-0.0106 Å °0.0006 Å °-0.0878 Å °-0.2116 Å °-0.0507 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 1:151)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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