PDB-6oii: Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidonic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oii

タイトル

Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidonic acid

要素

AAEL005772-PA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Odorant binding protein / Chemo-sensory signaling / Lipid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / sensory perception of smell / lipid binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Jones, D.N. / Wang, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Aedes aegypti Odorant Binding Protein 22 selectively binds fatty acids through a conformational change in its C-terminal tail.
著者: Wang, J. / Murphy, E.J. / Nix, J.C. / Jones, D.N.M.

履歴

登録	2019年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oii.cif.gz	206.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oii.ent.gz	167.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6oii_validation.pdf.gz	779.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oii_full_validation.pdf.gz	779.7 KB	表示
XML形式データ	6oii_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	6oii_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oii	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nbnC 6og0C 6oghC 6omwC 6opbC 6otlC 6p2eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6og0-d 3vg5-d 1e30-2 2ft9-d 2ftb-d 6y78-d 1icn-d 1vyg-d 4c7a-1 1khy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AAEL005772-PA

B: AAEL005772-PA

ヘテロ分子

30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AAEL005772-PA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, NMR relaxation experiments establish the overall correlation time is consistent with a monomeric species in solution
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AAEL005772-PA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.210, 40.844, 56.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.24, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- EDO
2	1	A-331- HOH
3	1	A-396- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	AAEL005772-PA / Odorant binding protein 分子量: 14400.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 組織: Antennal cDNA / 遺伝子: 5567053, AAEL005772 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HRL7

-
非ポリマー , 5種, 187分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸分子量: 304.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Co
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.65 % / 解説: plate
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350 12 w/v, 0.1M sodium HEPES, 10mM cadmium chloride, 6mM cobalt chloride, 6mM magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月7日 / 詳細: VariMax Cu-HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→27.9 Å / Num. obs: 19395 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 14.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.36 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.02954 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 17.88
反射シェル	解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.7619 / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / Num. unique obs: 1900 / CC_1/2: 0.929 / R_pim(I) all: 0.2127 / R_rim(I) all: 0.7922 / % possible all: 99.01

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→27.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.762 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22579	1927	10 %	RANDOM
R_work	0.18918	-	-	-
obs	0.19283	17296	98.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	-0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→27.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1952	0	55	177	2184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.263	1.663	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.497	1.63	4413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.521	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.789	23.846	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.027	15	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.944	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.735	1.852	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.734	1.85	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.186	2.769	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.186	2.772	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.995	2.042	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.995	2.043	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.639	3.002	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.963	28.824	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.902	28.568	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.847→1.895 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	145	-
R_work	0.276	1183	-
obs	-	-	94.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0057	1.5146	-0.489	4.5007	-1.8324	1.9899	0.2137	-0.2507	-0.0653	0.2548	-0.2388	-0.1986	-0.1735	0.1612	0.0251	0.0775	-0.0458	-0.0178	0.0405	0.0104	0.041	36.8802	24.3006	31.8417
2	9.1229	2.9266	-4.3002	2.9148	-0.5721	5.2978	-0.1417	-0.4411	0.589	0.0237	-0.0934	0.2944	-0.4754	-0.1719	0.2352	0.2034	0.0926	-0.0285	0.0771	-0.0845	0.171	27.1951	35.4861	27.3094
3	2.3572	0.6742	0.1898	2.3929	-0.8904	2.5226	-0.0176	0.2035	-0.2243	0.072	-0.0568	-0.0937	-0.0888	-0.0976	0.0744	0.0222	-0.0063	0.0231	0.0376	-0.0309	0.0583	31.3753	20.7849	22.4425
4	3.4734	1.4574	1.4563	2.6679	-0.3606	4.457	0.0747	-0.6016	-0.3793	0.1108	-0.0192	-0.2287	0.3683	-0.3809	-0.0555	0.08	-0.026	0.0095	0.1445	0.0623	0.1316	25.7731	8.2133	34.3288
5	1.7249	0.6903	0.0159	1.8921	-0.788	2.298	-0.1045	0.2643	-0.2204	-0.1522	0.1361	0.04	0.1444	-0.2233	-0.0315	0.0443	-0.0276	0.0203	0.0696	-0.0457	0.069	24.7316	15.6239	18.4121
6	3.0831	-0.1121	3.2784	2.3648	-1.0308	9.6072	-0.0063	-0.1548	-0.0126	0.185	0.0276	0.0928	-0.2348	-0.3875	-0.0213	0.0309	0.0034	0.0293	0.043	0.0024	0.0508	21.288	18.6059	31.5573
7	2.1915	-3.4804	-0.0801	6.6577	1.3213	1.2868	0.308	0.1902	-0.1307	-0.6609	-0.2956	0.2364	-0.1606	0.0318	-0.0124	0.1267	0.0504	-0.0594	0.0497	-0.0476	0.0815	7.333	25.1657	-7.6489
8	6.8285	-0.7879	-2.2272	1.6082	-0.5493	3.8668	0.0477	-0.052	0.2908	-0.2065	-0.1188	-0.0457	-0.3228	0.1496	0.0711	0.1037	-0.0013	0.002	0.0172	-0.0133	0.0745	13.2738	36.2468	1.6963
9	0.8821	-0.3426	0.0311	2.6552	1.2023	1.7804	-0.0183	-0.1059	0.0037	-0.1483	-0.0084	0.0977	-0.0479	-0.068	0.0267	0.0125	0.0097	-0.0119	0.0321	-0.0169	0.0189	12.4553	20.5979	1.5359
10	1.0742	-0.438	-0.2101	1.8342	2.2777	5.3917	0.0553	-0.1117	-0.1096	0.0402	0.0802	-0.0972	0.2168	0.0522	-0.1355	0.0246	0.0101	-0.0144	0.0475	-0.007	0.0343	20.8844	10.5517	0.3708
11	3.8101	-1.1661	-0.6231	2.5937	1.4653	2.1964	-0.0596	-0.3892	0.1501	-0.0144	0.1675	-0.047	-0.0154	0.1241	-0.1079	0.0057	0.0117	-0.0037	0.075	-0.0268	0.0136	17.9083	21.3767	7.8427
12	9.4663	-1.8385	7.6442	1.9808	1.3655	11.2152	-0.0625	0.2975	0.2598	-0.3782	0.1342	-0.2172	-0.6739	0.5578	-0.0718	0.1909	-0.0773	0.0556	0.0425	-0.0163	0.0274	21.3691	21.4842	-8.4422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	81 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	107 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 18
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	19 - 36
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	37 - 74
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	75 - 94
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	95 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	109 - 123

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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