PDB-6ohz: Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpeter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ohz

タイトル

Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197)

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Ankyrin repeat protein

機能・相同性情報

生物種

Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197)
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ohz.cif.gz	100 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ohz.ent.gz	75.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ohz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ohz_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ohz_full_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示
XML形式データ	6ohz_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	6ohz_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6okhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1q8k-d 2v29-d 5dl2-d 5zbq-d 1rdf-1 6c9l-d 5k6g-d 3nrk-d 1pxv-4 5k6b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LpboA.19561.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.200, 159.400, 37.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-521- HOH
2	1	A-569- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 26750.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) (バクテリア) 株: JB197 / 遺伝子: LBJ_2820 / プラスミド: LpboA.19561.b.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04PE5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Optimization screen based on JCSG B12: 16.82% (w/V) PEG 3350, 200mM potassium citrate tribasic: LpboA.19561.b.B1.PS38498 at 15mg/ml, grown at 4C: cryo: 20% EG in 2 steps, tray 307870 b3: puck ...詳細: Optimization screen based on JCSG B12: 16.82% (w/V) PEG 3350, 200mM potassium citrate tribasic: LpboA.19561.b.B1.PS38498 at 15mg/ml, grown at 4C: cryo: 20% EG in 2 steps, tray 307870 b3: puck rvo6-2. For experimental phasing, a crystal from the same optimization screen, well C10, with LpboA.19561.b.B1.PS38498 at 22mg/ml, grown at 14C was incubated for 15 sec each in a solution of 90% reservoir and 10% 2.5M sodium ioidide in ethylene glycol, and a solution of 80% reservoir and 20% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol, and vitrified in liquid nitrogen: tray 305816 C10: puck vvv2-11

結晶

マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Optimization screen based on JCSG B12: 16.82% (w/V) PEG 3350, 200mM potassium citrate tribasic: LpboA.19561.b.B1.PS38498 at 15mg/ml, grown at 4C: cryo: 20% EG in 2 steps, tray 307870 b3: puck ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-F		1	0.97872
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-300	1	CCD	2019年3月14日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2019年2月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID	モノクロメーター
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2	RIKGAU VARIMAX

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97872	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 2.05→39.85 Å / Num. obs: 21126 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.086 % / B_iso Wilson estimate: 55.509 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_rim(I) all: 0.041 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 21.04

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1	3.878	0.578	2.08	1542	0.828	0.671	99.6
2.1-2.16	4.746	0.481	3.05	1485	0.913	0.543	99.9
2.16-2.22	5.381	0.381	4.43	1459	0.945	0.423	100
2.22-2.29	5.288	0.289	5.74	1423	0.968	0.321	100
2.29-2.37	5.392	0.21	7.49	1383	0.984	0.233	100
2.37-2.45	5.334	0.152	9.83	1333	0.99	0.168	99.9
2.45-2.54	5.38	0.126	11.66	1296	0.993	0.14	99.9
2.54-2.65	5.344	0.103	14.15	1226	0.994	0.114	100
2.65-2.76	5.319	0.072	18.87	1206	0.997	0.079	100
2.76-2.9	5.351	0.059	22.99	1125	0.998	0.066	100
2.9-3.06	5.284	0.045	28.69	1100	0.999	0.049	99.9
3.06-3.24	5.251	0.038	34.01	1040	0.999	0.043	99.9
3.24-3.47	5.236	0.033	39.12	984	0.999	0.037	99.9
3.47-3.74	5.069	0.03	43.25	909	0.999	0.033	100
3.74-4.1	5.008	0.029	46.23	840	0.999	0.032	99.9
4.1-4.58	4.962	0.027	48.26	772	0.999	0.03	100
4.58-5.29	4.961	0.026	49.43	690	0.999	0.029	100
5.29-6.48	4.839	0.023	47.91	598	0.999	0.026	100
6.48-9.17	4.722	0.024	49.28	460	0.998	0.027	99.4
9.17-39.85	3.749	0.026	44.61	255	0.998	0.031	87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.15rc1_3423)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
PARROT		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→39.85 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.42

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2374	1902	9.01 %	0
R_work	0.2038	-	-	-
obs	0.2068	21107	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.91 Å² / B_iso mean: 76.7427 Å² / B_iso min: 31.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→39.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1562	0	4	70	1636
B_iso mean	-	-	89.14	64.33	-
残基数	-	-	-	-	210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.822	2199
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.36	974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	281

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0501-2.1013	0.3126	132	0.2933	1344	1476	99
2.1013-2.1581	0.2942	124	0.2547	1357	1481	100
2.1581-2.2216	0.2708	151	0.2402	1325	1476	100
2.2216-2.2933	0.2662	150	0.2387	1344	1494	100
2.2933-2.3753	0.265	145	0.2284	1343	1488	100
2.3753-2.4704	0.2866	124	0.2188	1359	1483	100
2.4704-2.5828	0.2845	149	0.2318	1342	1491	100
2.5828-2.7189	0.3118	124	0.2224	1402	1526	100
2.7189-2.8893	0.276	137	0.241	1344	1481	100
2.8893-3.1123	0.263	125	0.2318	1385	1510	100
3.1123-3.4253	0.2729	139	0.2244	1382	1521	100
3.4253-3.9206	0.2072	123	0.1947	1397	1520	100
3.9206-4.938	0.1999	136	0.1657	1416	1552	100
4.938-39.8575	0.2132	143	0.1905	1465	1608	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5832	0.3678	-1.3335	3.1653	-3.8216	4.9538	0.6152	-0.4153	-0.2121	-1.0247	-0.8713	-2.4799	-0.0966	1.582	0.6854	1.2136	0.0558	0.397	0.2803	0.1012	1.7495	37.7392	-5.9278	35.8566
2	4.7452	-3.0675	-0.1093	3.8632	1.6908	1.939	0.3197	0.6357	-1.1823	-2.154	-0.1393	-0.9286	1.7507	0.3249	-0.2564	1.4517	0.1493	0.1558	0.4641	-0.0307	1.0042	30.234	10.1217	28.6972
3	4.765	-1.1718	0.7444	4.7477	2.306	2.0009	0.3952	1.2758	-0.2393	-2.6477	-0.3929	-1.676	1.3898	1.0332	-0.4995	1.2082	0.1244	0.3248	0.5313	0.0199	0.807	29.973	17.2797	23.6837
4	5.5737	-0.46	1.8943	7.1262	0.8589	2.4407	-0.0212	0.114	-0.6842	-0.6966	0.0195	-0.0169	1.3461	-0.3013	0.0872	0.6994	-0.1521	0.0226	0.3616	-0.0464	0.4666	18.5786	19.8824	28.9555
5	5.8658	-1.1533	-1.0086	6.3496	0.9066	6.9338	-0.387	-1.1891	-0.5569	0.7337	0.6876	0.0238	0.9551	-0.5572	0.2279	0.5323	-0.1534	-0.0484	0.8313	0.0773	0.4661	11.9298	23.8848	40.6584
6	7.1131	-0.989	-0.7714	4.6038	-0.8018	4.4911	0.0362	-0.4975	0.83	0.0932	-0.1162	-0.1362	-0.0704	-0.4798	0.0576	0.3645	-0.089	-0.0614	0.4067	-0.0277	0.4708	18.9548	33.5167	31.283
7	7.1489	-2.2089	-3.0846	4.1921	0.7234	7.1514	-0.0911	-0.3007	0.4326	-0.2303	0.1581	0.0919	-0.5359	-0.6534	0.0321	0.3153	-0.0631	-0.1577	0.5406	-0.0377	0.4583	9.872	34.518	30.6878
8	7.2363	1.6062	-0.1268	3.0604	-0.007	2.4499	-0.4316	-0.6293	2.287	-0.4583	0.2907	0.268	-1.1849	-0.9633	-0.0772	0.6284	0.0164	-0.0304	0.8167	-0.0461	0.8482	14.6724	45.0278	31.8035
9	2.341	-0.4676	0.7905	9.0035	0.2078	9.4953	-0.1064	0.5556	0.835	-1.1773	0.2128	0.6905	-0.3988	-0.8977	-0.0045	0.5037	-0.0208	-0.1073	0.4409	0.0834	0.5648	16.3145	41.1194	22.3374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 28 )	A	2 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 63 )	A	29 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 76 )	A	64 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 108 )	A	77 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 154 )	A	109 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 166 )	A	155 - 166
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 167 through 195 )	A	167 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 196 through 207 )	A	196 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 208 through 222 )	A	208 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)