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- PDB-6ohe: Alpha-L-fucosidase AlfC D200A in complex with Fuca(1,6)GlcNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ohe
タイトルAlpha-L-fucosidase AlfC D200A in complex with Fuca(1,6)GlcNAc
要素AlfC
キーワードHYDROLASE / Fucosidase / AlfC / Fuca(1 / 6)GlcNAc
機能・相同性Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and dynamics of an alpha-fucosidase reveal a mechanism for highly efficient IgG transfucosylation.
著者: Klontz, E.H. / Li, C. / Kihn, K. / Fields, J.K. / Beckett, D. / Snyder, G.A. / Wintrode, P.L. / Deredge, D. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年12月16日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlfC
B: AlfC
C: AlfC
D: AlfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7728
ポリマ－157,3034
非ポリマー1,4694
水00
1
A: AlfC
C: AlfC
ヘテロ分子

A: AlfC
C: AlfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7728
ポリマ－157,3034
非ポリマー1,4694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
B: AlfC
D: AlfC
ヘテロ分子

B: AlfC
D: AlfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7728
ポリマ－157,3034
非ポリマー1,4694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)89.022, 139.251, 263.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...
21(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...
31(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...
41(chain D and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A4 - 244
121(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A267 - 345
131(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
141(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
151(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
161(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
171(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
181(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
191(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
1101(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
1111(chain A and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...A2 - 345
211(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...B4 - 244
221(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...B267 - 345
231(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...B346
241(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...B3 - 345
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261(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...B3 - 345
271(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...B3 - 345
281(chain B and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...B3 - 345
311(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 244
321(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C267 - 345
331(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C346
341(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 345
351(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 345
361(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 345
371(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 345
381(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 345
391(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 345
3101(chain C and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...C4 - 345
411(chain D and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...D4 - 244
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461(chain D and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...D4 - 345
471(chain D and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...D4 - 345
481(chain D and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...D4 - 345
491(chain D and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...D4 - 345
4101(chain D and (resseq 4:244 or resseq 267:345 or (resid...D4 - 345

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要素

#1: タンパク質
AlfC


分子量: 39325.742 Da / 分子数: 4 / 変異: D200A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K0NB39, UniProt: A0A422MHI3*PLUS
#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 250 nL 20 mg/mL AlfC D200A + 250 nL mother liquor (18% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7, 20 mM sodium/potassium phosphate, 1% v/v glycerol), crystals appeared after five days, ...詳細: 250 nL 20 mg/mL AlfC D200A + 250 nL mother liquor (18% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7, 20 mM sodium/potassium phosphate, 1% v/v glycerol), crystals appeared after five days, unliganded crystals were harvested in mother liquor supplemented with 20% v/v glycerol for cryoprotection and 10 mM Fuca(1,6)GlcNAc for ~1 minute, flash-cooled in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→29.76 Å / Num. obs: 28950 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 88.8 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 143330 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.14-3.334.91.56846240.4470.7751.75599.9
9.42-29.764.50.0711160.9940.0350.07995.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6O18

6o18


解像度: 3.14→29.76 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2986 1445 5 %
Rwork0.2785 --
obs0.2795 28900 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 211.14 Å2 / Biso mean: 126.6206 Å2 / Biso min: 50.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.14→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10267 0 100 0 10367
Biso mean--109.54 --
残基数----1289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25914510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5536173
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6103X-RAY DIFFRACTION9.486TORSIONAL
12B6103X-RAY DIFFRACTION9.486TORSIONAL
13C6103X-RAY DIFFRACTION9.486TORSIONAL
14D6103X-RAY DIFFRACTION9.486TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.14-3.25210.38351540.411526692823100
3.2521-3.38220.39661260.401327382864100
3.3822-3.53590.43681480.375727112859100
3.5359-3.72190.41381460.368827222868100
3.7219-3.95460.32721370.332227442881100
3.9546-4.25920.30311370.315327232860100
4.2592-4.68630.30071420.286627602902100
4.6863-5.3610.2851630.26527342897100
5.361-6.74130.26621420.251427852927100
6.7413-29.76380.21371500.18232869301999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61-0.3454-0.34611.1257-0.35171.83970.3649-0.3985-0.6566-0.48650.48970.54051.77040.4307-0.57511.59150.2809-0.78730.9267-0.05811.1596-15.4622-24.59935.3634
22.2588-0.5773-0.54610.7858-0.2612.80810.52140.9764-0.0526-0.34360.0072-0.34510.22092.1619-0.41760.74730.1844-0.05591.7065-0.16670.674310.6272-15.464943.0927
31.15310.53660.310.26560.12242.32250.36580.7237-0.0177-0.43690.780.87340.6059-0.71590.05741.389-0.4164-1.06681.34040.58871.8469-35.1367-6.0561-24.6062
40.2844-0.19030.44960.42610.15451.42270.61550.3761-0.7099-0.20890.2548-0.60461.70631.5452-0.56071.80970.7162-0.96321.7434-0.38911.341722.0682-35.913377.5012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:345)A2 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 3:345)B2 - 345
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 4:345)C2 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 4:345)D2 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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