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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ogi | |||||||||
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タイトル | 70S termination complex with RF2 bound to the UAG codon. Rotated ribosome conformation (Structure V) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Svidritskiy, E. / Demo, G. / Loveland, A.B. / Xu, C. / Korostelev, A.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Extensive ribosome and RF2 rearrangements during translation termination. 著者: Egor Svidritskiy / Gabriel Demo / Anna B Loveland / Chen Xu / Andrei A Korostelev / ![]() 要旨: Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ...Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ribosome recycling. To visualize termination by RF2, we resolved a cryo-EM ensemble of 70S•RF2 structures at up to 3.3 Å in a single sample. Five structures suggest a highly dynamic termination pathway. Upon peptidyl-tRNA hydrolysis, the CCA end of deacyl-tRNA departs from the peptidyl transferase center. The catalytic GGQ loop of RF2 is rearranged into a long β-hairpin that plugs the peptide tunnel, biasing a nascent protein toward the ribosome exit. Ribosomal intersubunit rotation destabilizes the catalytic RF2 domain on the 50S subunit and disassembles the central intersubunit bridge B2a, resulting in RF2 departure. Our structures visualize how local rearrangements and spontaneous inter-subunit rotation poise the newly-made protein and RF2 to dissociate in preparation for ribosome recycling. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 bcdefgjklmnopqrstuvwxyzBCDEFa
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
#29: タンパク質 | ![]() 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#30: タンパク質 | ![]() 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | ![]() 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | ![]() 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | ![]() 分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | ![]() 分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | ![]() 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | ![]() 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | ![]() 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | ![]() 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | ![]() 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | ![]() 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | ![]() 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | ![]() 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | ![]() 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | ![]() 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | ![]() 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | ![]() 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | ![]() 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | ![]() 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 5種, 5分子 31254
#50: RNA鎖 | ![]() 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#51: RNA鎖 | ![]() 分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#52: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#53: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#54: RNA鎖 | ![]() 分子量: 8878.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: tRNAfMet bound to a rotated E. coli ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 29.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63383 / 対称性のタイプ: POINT |
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |