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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ofv | ||||||
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タイトル | F95Q Epi-isozizaene synthase | ||||||
![]() | Epi-isozizaene synthase | ||||||
![]() | LYASE / Terpenoid / Biofuel / Curcumene | ||||||
機能・相同性 | ![]() epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / terpene synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blank, P.N. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of F95Q epi-isozizaene synthase, an engineered sesquiterpene cyclase that generates biofuel precursors beta- and gamma-curcumene. 著者: Blank, P.N. / Barrow, G.H. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3kb9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43597.832 Da / 分子数: 1 / 変異: F95Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 381分子 ![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BTM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BTM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-POP / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BTM / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Precipitant Solution: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 8000. Microseeding with wild-type EIZS was used. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→53.04 Å / Num. obs: 29257 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.52 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1968 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3KB9 解像度: 1.91→53.037 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.83
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→53.037 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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