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万見
- PDB-6of7: Crystal structure of the CRY1-PER2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6of7
タイトルCrystal structure of the CRY1-PER2 complex
要素
  • Cryptochrome-1
  • Period circadian protein homolog 2
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / Cryptochrome-1 / Period 2 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / : / circadian regulation of translation / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of fat cell proliferation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of circadian rhythm / lactate biosynthetic process / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / : / circadian regulation of translation / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of fat cell proliferation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of circadian rhythm / lactate biosynthetic process / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / lipid storage / regulation of DNA damage checkpoint / glycogen biosynthetic process / response to glucagon / regulation of gluconeogenesis / E-box binding / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / regulation of insulin secretion / white fat cell differentiation / regulation of neurogenesis / regulation of vasoconstriction / response to light stimulus / phosphatase binding / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of protein ubiquitination / FAD binding / transcription corepressor binding / fatty acid metabolic process / response to activity / positive regulation of protein ubiquitination / response to ischemia / gluconeogenesis / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / response to insulin / regulation of circadian rhythm / kinase binding / histone deacetylase binding / circadian rhythm / Circadian Clock / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Period circadian-like, C-terminal / Period protein 2/3C-terminal region / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / PAS fold-3 / PAS fold ...Period circadian-like, C-terminal / Period protein 2/3C-terminal region / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / PAS fold-3 / PAS fold / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / PAS domain / PAS repeat profile. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Period circadian protein homolog 2 / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Michael, A.K. / Fribourgh, J.L. / Tripathi, S.M. / Partch, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107069 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Dynamics at the serine loop underlie differential affinity of cryptochromes for CLOCK:BMAL1 to control circadian timing.
著者: Fribourgh, J.L. / Srivastava, A. / Sandate, C.R. / Michael, A.K. / Hsu, P.L. / Rakers, C. / Nguyen, L.T. / Torgrimson, M.R. / Parico, G.C.G. / Tripathi, S. / Zheng, N. / Lander, G.C. / ...著者: Fribourgh, J.L. / Srivastava, A. / Sandate, C.R. / Michael, A.K. / Hsu, P.L. / Rakers, C. / Nguyen, L.T. / Torgrimson, M.R. / Parico, G.C.G. / Tripathi, S. / Zheng, N. / Lander, G.C. / Hirota, T. / Tama, F. / Partch, C.L.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-1
B: Period circadian protein homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1962
ポリマ－71,1962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.640, 81.230, 98.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-1


分子量: 56591.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97784
#2: タンパク質 Period circadian protein homolog 2 / hPER2 / Circadian clock protein PERIOD 2


分子量: 14604.450 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1093-1212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PER2, KIAA0347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15055

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 75 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月6日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→62.565 Å / Num. obs: 10939 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.11→3.28 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1564 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4CT0

4ct0


解像度: 3.11→62.565 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 555 5.09 %
Rwork0.2084 --
obs0.2113 10898 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→62.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4424 0 0 0 4424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4286168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.8042704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.4230.40671330.27252529X-RAY DIFFRACTION100
3.423-3.91820.28441310.22662549X-RAY DIFFRACTION100
3.9182-4.93620.22511180.18432596X-RAY DIFFRACTION100
4.9362-62.57810.23271730.19442669X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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