PDB-6oei: Yeast Spc42 N-terminal coiled-coil fused to PDB: 3K2N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oei

タイトル

Yeast Spc42 N-terminal coiled-coil fused to PDB: 3K2N

要素

Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Yeast Centrosome / Coiled-Coil / Spindle Pole Body

機能・相同性

機能・相同性情報

intermediate layer of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / spindle pole body duplication / regulation of microtubule nucleation / structural constituent of cytoskeleton / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Drennan, A.C. / Krishna, S. / Seeger, M.A. / Andreas, M.P. / Gardner, J.M. / Sether, E.K.R. / Jaspersen, S.L. / Rayment, I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structure and function of Spc42 coiled-coils in yeast centrosome assembly and duplication.
著者: Drennan, A.C. / Krishna, S. / Seeger, M.A. / Andreas, M.P. / Gardner, J.M. / Sether, E.K.R. / Jaspersen, S.L. / Rayment, I.

履歴

登録	2019年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oei.cif.gz	116.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oei.ent.gz	88.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oei_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oei_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	6oei_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	6oei_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6od2C 6oecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5chx-d 1ik9-d 3mud-d 5cva-d 5cj0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.664, 193.108, 95.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator 分子量: 34148.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Spc42 Residues 11-130 fused to Sigma-54-dependent transcriptional regulator 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア) 株: ATCC 204508 / S288c, ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS 遺伝子: SPC42, YKL042W, YKL255, CT0108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36094, UniProt: Q8KG60
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Crystals were grown from a 1:1 mixture of 16 mg/ml protein solution containing 20 mM HEPES pH7.6, 100 mM NaCl and well solution containing 100 mM MOPS pH 7.0, 5% (w/v) PEG4K, 5%(w/v) MPD, and 150 mM NaCitrate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97929 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 14732 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 0.978 / Net I/av σ(I): 34.4 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.55-2.57	11.3	0.537	353	0.984	0.162	0.562	0.868	99.4
2.57-2.59	12.1	0.603	350	0.981	0.179	0.63	0.85	99.7
2.59-2.62	12.9	0.691	358	0.929	0.198	0.719	0.845	100
2.62-2.64	13.4	0.623	365	0.966	0.176	0.648	0.871	100
2.64-2.67	13.8	0.62	384	0.967	0.172	0.644	0.874	100
2.67-2.69	14	0.618	343	0.965	0.171	0.641	0.862	100
2.69-2.72	14.2	0.51	360	0.977	0.14	0.529	0.859	100
2.72-2.75	14.2	0.516	358	0.965	0.141	0.535	0.883	100
2.75-2.78	14.4	0.449	375	0.984	0.122	0.466	0.87	100
2.78-2.81	14.2	0.377	358	0.99	0.104	0.391	0.908	100
2.81-2.84	14.4	0.326	368	0.991	0.089	0.338	0.887	100
2.84-2.87	14.2	0.312	355	0.995	0.086	0.324	0.882	100
2.87-2.91	14.3	0.214	356	0.996	0.059	0.222	0.915	100
2.91-2.94	14.4	0.241	364	0.995	0.066	0.25	0.942	100
2.94-2.98	14.2	0.191	376	0.997	0.052	0.198	0.965	100
2.98-3.02	14.3	0.205	354	0.996	0.056	0.213	0.948	100
3.02-3.07	14.2	0.18	369	0.995	0.049	0.187	0.956	100
3.07-3.11	14.3	0.168	349	0.997	0.047	0.174	0.954	100
3.11-3.16	14.2	0.147	376	0.996	0.041	0.152	0.992	100
3.16-3.21	14.2	0.138	368	0.998	0.038	0.143	0.976	100
3.21-3.27	14.3	0.126	360	0.995	0.035	0.131	1.002	100
3.27-3.33	14.2	0.119	365	0.998	0.033	0.123	0.988	100
3.33-3.39	14.2	0.109	375	0.998	0.03	0.113	1.006	100
3.39-3.46	14	0.097	361	0.994	0.027	0.101	1.038	100
3.46-3.54	14.2	0.089	373	0.998	0.025	0.093	1.045	100
3.54-3.62	14.2	0.085	359	0.998	0.023	0.088	1.126	100
3.62-3.71	14.2	0.077	370	0.998	0.021	0.08	1.143	100
3.71-3.81	14	0.069	370	0.998	0.019	0.072	1.048	100
3.81-3.92	14.2	0.064	363	0.999	0.018	0.067	1.077	100
3.92-4.05	13.9	0.061	376	0.999	0.017	0.064	1.034	100
4.05-4.19	13.9	0.064	359	0.999	0.018	0.066	1.086	100
4.19-4.36	14	0.06	383	0.998	0.017	0.063	1.147	100
4.36-4.56	13.8	0.058	372	0.999	0.016	0.061	1.156	100
4.56-4.8	13.8	0.063	378	0.999	0.018	0.065	1.275	100
4.8-5.1	13.7	0.066	368	0.998	0.019	0.068	1.323	100
5.1-5.49	13.5	0.062	382	0.999	0.018	0.064	1.138	100
5.49-6.05	13.2	0.06	384	0.998	0.017	0.063	0.965	100
6.05-6.92	13.2	0.046	387	0.999	0.013	0.048	0.785	100
6.92-8.72	12.9	0.045	389	1	0.013	0.047	0.794	100
8.72-100	11.6	0.045	419	0.999	0.014	0.047	0.735	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.58→36.378 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	686	5 %
R_work	0.2082	-	-
obs	0.2101	13732	91.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.47 Å² / B_iso mean: 52.9433 Å² / B_iso min: 7.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.58→36.378 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1942	0	16	41	1999
B_iso mean	-	-	69.7	44.86	-
残基数	-	-	-	-	243

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.58-2.7787	0.2626	91	0.2617	1729	1820	62
2.7787-3.0582	0.3113	142	0.24	2689	2831	96
3.0582-3.5004	0.2442	148	0.2202	2823	2971	100
3.5004-4.409	0.2306	149	0.1894	2840	2989	100
4.409-36.3818	0.2255	156	0.1936	2965	3121	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1743	0.455	-0.1404	4.9102	-0.2229	-0.8801	-0.0353	0.0597	-0.1081	-0.8002	0.0967	-0.0567	0.1448	0.0659	-0.0463	0.3833	-0.2079	0.075	0.1288	-0.0145	0.3004	26.2487	-31.481	69.9256
2	0.8177	0.3605	-0.5266	1.8578	0.3622	2.3082	-0.0225	0.4701	0.0914	-1.8251	-0.0436	0.215	-0.3632	-0.1294	-0.0777	0.703	0.0482	0.1344	0.3006	0.021	0.0617	25.2575	19.3293	52.6871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 60 through 160 )	A	60 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 302 )	A	161 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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