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- PDB-6oea: Crystal structure of HMCES SRAP domain in complex with longer 3' ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oea
タイトルCrystal structure of HMCES SRAP domain in complex with longer 3' overhang DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*G)-3')
  • Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / SRAP Domain / DNA-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / HMCES / Protein-DNA complex / DNA damage protein / 3' overhang / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / DNA-(abasic site) binding / positive regulation of isotype switching / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / replication fork ...protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / DNA-(abasic site) binding / positive regulation of isotype switching / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / replication fork / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase-like / hypothetical protein yedk fold / SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Abasic site processing protein HMCES
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Halabelian, L. / Ravichandran, M. / Li, Y. / Zeng, H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of HMCES interactions with abasic DNA and multivalent substrate recognition.
著者: Halabelian, L. / Ravichandran, M. / Li, Y. / Zeng, H. / Rao, A. / Aravind, L. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年4月10日ID: 6NLC
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,47619
ポリマ－37,1653
非ポリマー31016
水82946
1
A: Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,03124
ポリマ－42,6595
非ポリマー37219
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444-x-1/2,y-1/2,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)55.863, 52.060, 148.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Embryonic stem cell-specific 5-hydroxymethylcytosine-binding protein / ES cell-specific 5hmC-binding protein / Putative peptidase SRAPD1 / SRAP domain-containing protein 1


分子量: 31671.617 Da / 分子数: 1 / 断片: SRAP domain (UNP residues 2-270) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMCES, C3orf37, DC12, SRAPD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96FZ2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*T)-3')


分子量: 3653.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 1840.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 62分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M potassium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 0.05 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.11 Å / Num. obs: 25066 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 165977 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.166.60.8121361120670.9260.3410.8822.299.9
8.91-49.116.10.03321863600.9980.0140.03645.798.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 5KO9

5ko9


解像度: 2.1→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2398 / WRfactor Rwork: 0.2016 / FOM work R set: 0.7085 / SU B: 7.002 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.1864 / SU Rfree: 0.1662 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1249 5 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs0.2098 23814 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 178.36 Å2 / Biso mean: 55.262 Å2 / Biso min: 34.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.94 Å20 Å2-1.41 Å2
2--3.78 Å2-0 Å2
3----7.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2050 324 31 46 2451
Biso mean--63.47 54.78 -
残基数----274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122490
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.5743442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3031.7044821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.85257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.91221.261119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97715334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4681518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02550
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 84 -
Rwork0.392 1782 -
all-1866 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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