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- PDB-6od9: Co-crystal structure of the Fusobacterium ulcerans ZTP riboswitch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6od9
タイトルCo-crystal structure of the Fusobacterium ulcerans ZTP riboswitch using an X-ray free-electron laser
要素RNA (75-MER)
キーワードRNA / Complex / riboswitch / x-ray free-electron diffraction / XFEL / ZMP / ZTP
機能・相同性AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / : / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 4.102 Å
データ登録者Jones, C.P. / Tran, B. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Co-crystal structure of the Fusobacterium ulcerans ZTP riboswitch using an X-ray free-electron laser.
著者: Jones, C. / Tran, B. / Conrad, C. / Stagno, J. / Trachman 3rd, R. / Fischer, P. / Meents, A. / Ferre-D'Amare, A.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (75-MER)
B: RNA (75-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,58113
ポリマ－48,3952
非ポリマー1,18611
水1086
1
A: RNA (75-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7716
ポリマ－24,1971
非ポリマー5745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (75-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8107
ポリマ－24,1971
非ポリマー6136
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.740, 92.740, 120.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 49 or resid 60 through 75))
21(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA(chain A and (resid 6 through 49 or resid 60 through 75))AA6 - 496 - 49
12GG(chain A and (resid 6 through 49 or resid 60 through 75))AA60 - 7560 - 75
21GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB66
22GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
23GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
24GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
25GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
26GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
27GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
28GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
29GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
210GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
211GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
212GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
213GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
214GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
215GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
216GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
217GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
218GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
219GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75
220GG(chain B and ((resid 6 and (name O5 or name...BB6 - 756 - 75

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 RNA (75-MER)


分子量: 24197.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Transcribed from T7 RNA polymerase and denaturing gel purified
由来: (合成) Fusobacterium ulcerans (バクテリア)

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非ポリマー , 5種, 17分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28-32% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.303 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.303 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→48.2 Å / Num. obs: 9078 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 100.75 Å2 / CC1/2: 0.43 / R split: 0.762 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 4.1→4.25 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 492 / CC1/2: 0.16 / R split: 1.316 / % possible all: 97.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.1 Å48.19 Å
Translation4.1 Å48.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BTP

5btp


解像度: 4.102→48.191 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 383 4.22 %
Rwork0.2582 --
obs0.2603 9078 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 220.44 Å2 / Biso mean: 83.5603 Å2 / Biso min: 11.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.102→48.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2651 53 6 2710
Biso mean--56.3 49.16 -
残基数----124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3944687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9341478
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1426X-RAY DIFFRACTION7.831TORSIONAL
12B1426X-RAY DIFFRACTION7.831TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
4.1016-4.69470.38861200.326929073027
4.6947-5.91320.30361280.245428943022
5.9132-48.19430.26351350.225128943029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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