PDB-6od1: IraD-bound to RssB D58P variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6od1

タイトル

IraD-bound to RssB D58P variant

要素

Anti-adapter protein IraD
Regulator of RpoS

キーワード

SIGNALING PROTEIN / response regulator / ClpXP adaptor / anti-adaptor / DNA damage / Gp25

機能・相同性

機能・相同性情報

anti-sigma factor antagonist activity / phosphorelay signal transduction system / positive regulation of proteolysis / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to oxidative stress / regulation of gene expression / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli 907672 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Deaconescu, A.M. / Dorich, V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for inhibition of a response regulator of sigmaSstability by a ClpXP antiadaptor.
著者: Dorich, V. / Brugger, C. / Tripathi, A. / Hoskins, J.R. / Tong, S. / Suhanovsky, M.M. / Sastry, A. / Wickner, S. / Gottesman, S. / Deaconescu, A.M.

履歴

登録	2019年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6od1.cif.gz	190.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6od1.ent.gz	153 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6od1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6od1_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6od1_full_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示
XML形式データ	6od1_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	6od1_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/6od1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/6od1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4p08-d 1ju4-d 6uo6-2 4ow6-1 2xja-2 4tth-d 5kow-d 4u2x-2 5rya-d 5xu6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulator of RpoS

B: Anti-adapter protein IraD

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.938, 55.938, 300.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Regulator of RpoS 分子量: 37320.125 Da / 分子数: 1 / 変異: D58P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 907672 (大腸菌) / 遺伝子: rssB, HMPREF1595_01509 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V0SNG0
#2: タンパク質	Anti-adapter protein IraD 分子量: 13136.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: iraD, yjiD, b4326, JW5782 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39375
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The sequence of IraD that was expressed in Ecoli was: ...The sequence of IraD that was expressed in Ecoli was: MGSSHHHHHHSSGLEVLFQGPHMKTSSLRKSVCSDLLTLFNSPHSALPSLLVSGMPEWQVHNPSDKHLQSWYCRQLRSALLFHEPRIAALQVNLKEAYCHTLAISLEIMLYHDDEPLTFDLVWDNGGWRSATLENVS IraD protein that was crystallized was obtain by digesting the sequence above with protease and is: MKTSSLRKSVCSDLLTLFNSPHSALPSLLVSGMPEWQVHNPSDKHLQSWYCRQLRSALLFHEPRIAALQVNLKEAYCHTLAISLEIMLYHDDEPLTFDLVWDNGGWRSATLENVS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride, PEG 8000, Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29.1 Å / Num. obs: 3053 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 1.95 / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / Num. unique obs: 5272

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→29.08 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	1816	5.57 %	1
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.2025	32605	96.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3428	0	0	109	3537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3496
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.938	4752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.063	2112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	548
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0541	0.2966	130	0.2882	2178	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0541-2.1145	0.3159	135	0.2682	2289	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1145-2.1827	0.3091	137	0.2549	2320	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1827-2.2607	0.3008	137	0.2414	2318	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2607-2.3512	0.2628	138	0.2264	2338	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3512-2.4581	0.2875	138	0.2288	2350	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4581-2.5877	0.2898	137	0.2294	2324	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5877-2.7497	0.2796	138	0.2255	2341	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7497-2.9618	0.2493	139	0.2175	2368	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9618-3.2595	0.2712	138	0.2153	2354	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2595-3.7303	0.2261	143	0.1911	2416	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7303-4.6966	0.2252	148	0.1645	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6966-29.083	0.2161	158	0.1835	2687	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5175	1.3573	-0.6119	2.3937	-1.8564	5.2104	-0.1601	0.4418	0.2315	-0.1683	0.3571	0.2875	-0.1237	-0.8337	-0.1427	0.3574	0.0032	-0.1002	0.6268	0.0534	0.3459	15.3655	5.2652	128.6252
2	5.0053	1.2106	-0.1269	6.0468	2.4782	6.1172	-0.0509	0.0029	0.8862	0.6674	-0.654	0.2876	-0.7946	-0.6108	0.6584	0.6561	0.0225	-0.1537	0.5314	0.0436	0.431	27.6014	17.8661	135.105
3	5.2811	-2.8517	4.6142	4.5519	-3.0185	6.6669	-0.6133	-0.4288	0.6747	0.1611	-0.028	-0.0453	-1.4447	-0.6823	0.4187	0.6624	0.1538	-0.0973	0.4185	-0.0413	0.4243	40.7757	19.9726	152.9295
4	2.7976	-1.3052	2.2825	1.7892	-0.5972	4.9828	-0.0467	-0.1178	-0.1226	-0.0409	0.122	0.235	-0.2855	-0.2579	-0.0332	0.2864	-0.0491	-0.0699	0.2718	0.0954	0.3225	43.9534	7.064	146.2164
5	9.2807	3.8749	0.4898	2.5967	2.3032	4.7498	-1.1928	1.437	-0.2352	-0.9656	0.8594	-0.4543	0.2285	0.3493	0.4172	0.6801	0.0417	0.0517	0.7944	0.0384	0.5571	45.3487	8.5327	110.1636
6	2.8968	-2.2494	2.7356	5.9263	-4.4477	3.8866	0.1387	0.5004	-0.021	-1.5244	0.4595	0.2534	0.2179	-0.4945	-0.2187	0.7047	-0.0326	-0.15	1.0689	0.092	0.458	25.1102	11.0553	107.809
7	9.7601	-3.76	3.5464	5.1326	-0.0809	4.2746	0.0372	0.0136	0.401	-0.3215	0.0879	0.1518	-0.1294	-0.4021	-0.1217	0.4072	-0.039	-0.133	0.527	0.1625	0.347	29.2859	13.8317	118.145
8	5.6579	-4.2561	5.3896	4.9548	-3.9567	5.1751	0.1709	0.68	0.7486	-0.2814	0.005	-0.3531	-0.2512	-0.1699	0.1489	0.4867	0.0602	-0.052	0.5393	0.1733	0.4092	39.8832	13.4926	118.8253
9	8.9786	5.0848	5.1063	3.078	3.0943	3.2515	-1.1249	1.6769	3.0415	-3.281	-0.2483	0.5831	-2.4896	-0.6289	1.4233	1.5451	0.1549	-0.3328	1.1138	0.3881	1.2751	31.0275	24.0615	104.2987
10	4.2242	-4.9247	4.3606	7.3623	-4.5362	4.6823	-0.4257	1.0856	0.8604	0.423	0.4811	0.1245	-1.513	-0.5064	0.9091	0.6548	0.0113	-0.0533	0.8319	0.2869	0.3848	38.6132	18.4572	113.472
11	1.4275	1.1067	-1.2029	4.5095	-4.5635	6.0028	-0.337	-0.0717	1.0046	0.4544	-0.5384	-1.5389	-1.8914	1.8954	0.4901	0.7206	-0.2	-0.1799	0.8716	0.2621	0.7034	50.5119	14.8832	121.6137
12	5.2691	2.2212	6.0696	1.1617	2.7198	7.4685	-0.6977	0.2844	-0.4436	-0.5064	0.2859	0.027	-0.9517	-0.5645	0.2181	0.7576	-0.0983	-0.143	1.0052	0.2234	0.5409	38.903	16.5959	107.7021
13	0.1386	-0.892	-0.0908	5.7911	0.5927	0.0574	-0.3616	1.9072	1.2004	-2.8958	-0.6422	-0.4105	-0.2324	-0.0188	0.7283	0.8287	0.0917	-0.1027	1.5874	0.2318	0.5795	35.5542	13.6063	100.4474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 112 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 149 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 185 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 186 through 337 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 19 through 34 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 35 through 58 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 59 through 76 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 77 through 87 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 88 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 96 through 101 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 102 through 109 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 110 through 116 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 117 through 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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