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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ocw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Proteasome in Complex with Phenylimidazole-based Inhibitor A85 | ||||||
![]() | (Proteasome subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / proteasome inhibitor / phenylimidazole / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsu, H.C. / Li, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Selective Phenylimidazole-Based Inhibitors of theMycobacterium tuberculosisProteasome. 著者: Zhan, W. / Hsu, H.C. / Morgan, T. / Ouellette, T. / Burns-Huang, K. / Hara, R. / Wright, A.G. / Imaeda, T. / Okamoto, R. / Sato, K. / Michino, M. / Ramjee, M. / Aso, K. / Meinke, P.T. / ...著者: Zhan, W. / Hsu, H.C. / Morgan, T. / Ouellette, T. / Burns-Huang, K. / Hara, R. / Wright, A.G. / Imaeda, T. / Okamoto, R. / Sato, K. / Michino, M. / Ramjee, M. / Aso, K. / Meinke, P.T. / Foley, M. / Nathan, C.F. / Li, H. / Lin, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 965.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Proteasome subunit ... , 2種, 28分子 ABCDEFGOPQRSTUHIJKLMNVWXYZab
#1: タンパク質 | 分子量: 25971.975 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 10-248 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prcA, Rv2109c / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 24445.383 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 58-291 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prcB, Rv2110c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 980分子 ![](data/chem/img/DMF.gif)
![](data/chem/img/M6M.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/M6M.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-DMF / #4: 化合物 | ChemComp-M6M / #5: 化合物 | ChemComp-CIT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 60 mM sodium citrate, pH 6.2, 14% PEG3350, 35% dimethyl formamide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月15日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→198.65 Å / Num. obs: 224759 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 33844 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 5TS0 解像度: 2.6→42.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.22 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.82 Å
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