PDB-6oca: Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oca

タイトル

Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10

要素

Ricin A chain
VHH antibody V2G10

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.113 Å

データ登録者

Rudolph, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Intracellular Neutralization of Ricin Toxin by Single-domain Antibodies Targeting the Active Site.
著者: Rudolph, M.J. / Czajka, T.F. / Davis, S.A. / Thi Nguyen, C.M. / Li, X.P. / Tumer, N.E. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2019年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oca.cif.gz	330.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oca.ent.gz	268.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6oca_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oca_full_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示
XML形式データ	6oca_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	6oca_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6oca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6oca	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6obcC 6obeC 6obgC 6obmC 6oboC 6ocdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l77-d 2g3f-2 1g58-d 6obo-2 6l3f-d 3kzs-3 4nd6-d 5j7z-2 3kzs-1 4qfu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin A chain

C: VHH antibody V2G10

B: Ricin A chain

D: VHH antibody V2G10

ヘテロ分子

89.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ricin A chain

C: VHH antibody V2G10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ricin A chain

D: VHH antibody V2G10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.962, 50.279, 111.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.680, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Ricin A chain 分子量: 29676.428 Da / 分子数: 2 / 断片: Toxin catalytic subunit, residues 38-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	VHH antibody V2G10 分子量: 14898.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 208分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM MES (pH 5.0) and 20% PEG 6,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -h-2*l,-k,l / Fraction: 0.052

反射

解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 50806 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 1.232 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 293951

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.11-2.15	4.3	1.504	2247	0.311	0.791	1.711	0.652	88.4
2.15-2.19	5.1	1.183	2539	0.491	0.572	1.32	0.654	99.7
2.19-2.23	5.8	1.115	2527	0.586	0.507	1.228	0.646	100
2.23-2.27	5.9	1.037	2574	0.591	0.467	1.141	0.683	100
2.27-2.32	6	0.88	2500	0.748	0.393	0.966	0.678	100
2.32-2.38	6	0.73	2551	0.802	0.325	0.801	0.692	100
2.38-2.44	6.1	0.696	2514	0.835	0.305	0.762	0.71	99.9
2.44-2.5	6.2	0.536	2569	0.902	0.234	0.587	0.676	99.7
2.5-2.58	5.9	0.422	2526	0.93	0.188	0.463	0.732	99.8
2.58-2.66	5.5	0.37	2554	0.925	0.173	0.41	0.788	99.5
2.66-2.75	5.3	0.273	2490	0.959	0.129	0.303	0.886	99
2.75-2.86	6	0.239	2574	0.969	0.106	0.262	1.02	100
2.86-2.99	6.4	0.201	2555	0.98	0.085	0.219	1.211	100
2.99-3.15	6.2	0.168	2563	0.984	0.073	0.184	1.455	99.9
3.15-3.35	5.9	0.133	2556	0.992	0.059	0.146	1.68	99.6
3.35-3.61	6.1	0.112	2562	0.992	0.049	0.122	2.124	99.8
3.61-3.97	5.2	0.09	2553	0.993	0.043	0.1	2.331	99.7
3.97-4.54	5.9	0.076	2599	0.996	0.033	0.083	2.615	99.8
4.54-5.72	6.1	0.07	2576	0.997	0.03	0.077	2.377	99.5
5.72-50	5.6	0.049	2677	0.999	0.022	0.054	1.71	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.11 Å	48.11 Å
Translation	2.11 Å	48.11 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.113→48.157 Å / FOM work R set: 0.7527 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.43 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	2496	4.91 %
R_work	0.2127	48258	-
obs	0.2132	50791	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.904 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.61 Å² / B_iso mean: 58.91 Å² / B_iso min: 22.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.8309 Å²	-0 Å²	-3.2122 Å²
2-	-	7.4722 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.6413 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.113→48.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6126	0	31	201	6358
B_iso mean	-	-	71.01	49.69	-
残基数	-	-	-	-	784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.622	8545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	941
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.49	2267

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1165-2.1572	0.3054	120	0.3378	2560	2680	91
2.1572-2.2012	0.3472	124	0.3114	2684	2808	95
2.2012-2.249	0.3508	128	0.3044	2640	2768	95
2.249-2.3013	0.3058	155	0.2978	2672	2827	95
2.3013-2.3588	0.3529	143	0.3514	2642	2785	94
2.3588-2.4225	0.3026	151	0.2834	2666	2817	95
2.4225-2.4937	0.3224	128	0.2668	2704	2832	95
2.4937-2.5741	0.3184	150	0.2677	2657	2807	94
2.5741-2.666	0.3307	140	0.2905	2646	2786	94
2.666-2.7726	0.3008	148	0.2627	2648	2796	94
2.7726-2.8986	0.2661	106	0.2552	2713	2819	96
2.8986-3.0512	0.278	121	0.2433	2718	2839	96
3.0512-3.2419	0.2764	141	0.2384	2694	2835	95
3.2419-3.4916	0.2689	157	0.2135	2661	2818	94
3.4916-3.8417	0.2322	152	0.1879	2704	2856	95
3.8417-4.3948	0.2096	145	0.1634	2693	2838	95
4.3948-5.5262	0.1763	139	0.1492	2730	2869	95
5.5262-24.3221	0.2162	120	0.1668	2826	2946	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0973	2.1083	-1.3433	5.828	0.5171	3.195	0.053	-1.0715	-0.0763	0.8614	0.1601	0.0943	-0.2306	-0.6675	-0.2351	0.4151	0.1915	-0.0128	0.9729	0.0888	0.2891	27.928	25.6767	10.894
2	3.9887	-1.2996	-0.866	2.8951	0.6434	4.0098	-0.4033	-0.7883	-0.4354	0.3433	0.5445	0.2221	0.034	-0.842	-0.1612	0.3359	0.0459	0.0016	0.9504	0.2178	0.3271	25.492	15.9255	6.5984
3	3.2254	-0.5993	-0.2107	2.1467	-1.2071	1.6313	-0.2117	-0.5223	-0.2912	0.1522	0.6797	0.4564	0.0077	-1.3016	-0.4195	0.2419	0.0239	0.0076	0.9414	0.246	0.3213	17.0447	23.1894	-3.9926
4	3.1127	-1.7704	1.071	3.6077	0.2185	3.6311	-0.0423	-0.3354	-0.0447	0.0295	0.3578	-0.2885	0.1173	-0.1258	-0.3303	0.1664	-0.003	0.008	0.3648	0.0475	0.2728	37.8561	20.7251	-4.0492
5	5.2183	1.8593	3.3104	0.8789	0.0554	7.9338	0.4996	0.8162	-1.1758	-0.6812	-1.399	2.1221	0.5915	-0.6612	0.7892	0.5942	-0.2419	0.11	0.675	-0.2707	0.7076	30.1447	-0.9453	-31.3225
6	2.437	-2.0916	-1.6771	2.3453	3.2721	7.2692	0.2222	0.7081	-0.7745	-1.5678	-0.1458	0.6388	-0.5329	-0.4494	0.0351	0.5166	0.013	-0.1112	0.7571	-0.27	0.5864	33.5423	5.0294	-31.0646
7	3.4408	-0.1913	-1.9755	2.0989	1.6704	2.3007	0.0299	0.8813	0.9309	-0.7643	-0.7553	0.874	-0.8039	-0.3216	0.4933	1.1283	0.1854	-0.0765	0.5693	0.0379	0.5984	32.558	23.0291	-24.3672
8	7.0893	3.0089	1.4264	8.0955	1.0395	4.075	-0.1737	0.0134	-0.0321	-0.0655	-0.1206	0.8098	0.5653	-0.0693	0.3684	0.4697	-0.0967	0.0533	0.4812	-0.1546	0.3875	31.7986	6.8539	-20.4682
9	2.067	3.4602	-0.6121	9.9264	1.0413	8.4849	-0.2425	0.3167	-0.5656	0.0503	0.4467	-0.6989	0.845	0.6061	-0.2301	0.4538	0.1055	0.0257	0.4275	-0.0746	0.4128	42.4339	7.9628	-19.3106
10	6.5694	1.7363	0.3863	6.643	1.2868	0.2497	0.2979	-0.1659	-1.3699	0.938	-0.0523	-0.6691	0.7437	-0.0291	-0.3024	0.8291	0.0736	-0.0879	0.5926	-0.0988	0.6906	41.125	-1.5037	-18.0689
11	5.7246	-0.0984	1.2597	8.1194	1.2455	5.1614	0.1004	0.7617	-0.3794	-1.0868	-0.1046	-0.7573	-0.2823	0.7432	-0.0176	0.6413	-0.0328	0.1236	0.5351	-0.1618	0.3991	40.8192	6.365	-27.5762
12	5.1725	-2.3717	1.6666	2.067	1.3364	5.0414	0.2074	0.6876	-0.8675	-0.775	-0.1747	-0.1733	-0.0728	0.2505	-0.0185	0.548	-0.0121	0.0699	0.6256	-0.2224	0.5296	37.3768	3.5433	-28.8483
13	0.9665	0.9066	1.2254	7.1521	1.5544	4.9506	-0.0236	0.3471	-0.8655	0.634	-0.401	0.6953	1.333	-0.8455	0.5712	0.6053	-0.2218	0.1494	0.6289	-0.1917	0.6616	32.2703	1.3669	-19.7271
14	1.8656	1.4082	2.0077	8.2871	3.8302	3.7285	-0.0395	0.0401	-0.8014	-0.1212	-0.6325	1.3895	0.4365	-1.0811	0.6102	0.4123	-0.2122	0.0916	0.9561	-0.2948	0.8923	26.2546	4.51	-21.6702
15	4.9457	-0.8021	-0.8719	5.2541	0.5012	3.8855	-0.099	-0.3484	-0.2267	0.6356	-0.0372	0.4936	0.3501	-0.2142	0.137	0.2634	-0.0156	0.0399	0.2169	0.0004	0.1669	-4.6079	47.987	53.4764
16	3.2101	-0.1066	-0.2639	2.8726	-0.7102	3.1707	-0.0351	-0.1009	0.4099	0.1119	-0.1735	0.7115	-0.2074	-0.7001	0.3587	0.2388	0.0549	-0.0141	0.3237	-0.1126	0.526	-13.5872	55.6261	46.0305
17	5.391	-0.1571	-0.8415	4.3691	-1.7912	5.5757	-0.1853	0.1787	-0.5927	-0.0375	-0.0897	1.252	-0.146	-0.6426	0.3137	0.3114	0.0067	-0.0362	0.4709	-0.1678	0.7777	-20.7096	50.3741	41.153
18	7.2765	-3.4342	-1.8346	4.6108	-0.1544	5.7695	0.1312	0.9048	0.3979	-0.2361	-0.2882	0.6486	-0.8457	-0.8204	0.2242	0.3794	0.0878	-0.1095	0.3548	0.0231	0.4705	-7.5103	64.7246	38.1902
19	2.3992	0.3616	-0.4901	2.6955	1.4592	2.1992	0.0185	0.1642	0.0607	-0.0871	0.0878	-0.0069	-0.1134	0.1084	-0.1265	0.2083	0.0036	-0.0714	0.2296	0.0041	0.1796	6.898	53.0067	41.1064
20	3.9082	0.4748	0.7403	6.9982	-2.3182	2.6359	0.097	-0.2605	-0.5254	0.2765	-0.1784	-0.2429	0.1205	0.0158	0.1319	0.3081	0.0185	-0.0254	0.3634	-0.0523	0.3641	6.7614	36.1797	47.1481
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22	2.2459	2.8748	1.4838	4.6549	2.4076	3.2343	-0.2019	1.6191	0.154	-0.6513	0.1497	0.2041	-0.9059	-0.2385	0.1905	0.5745	-0.0045	-0.0294	1.1962	-0.0437	0.4425	2.921	46.3733	15.165
23	5.5569	1.8471	-1.18	3.4895	1.6523	1.7415	0.0315	1.2696	0.6524	-0.5846	-0.138	-0.0178	-0.8509	0.2995	-0.2155	0.5854	-0.054	-0.0626	0.7468	0.005	0.4294	7.5345	53.4417	24.3341
24	7.6402	4.1559	3.5248	5.2927	2.1653	2.8048	0.0815	0.3935	0.0926	0.1346	0.0231	0.3828	0.1326	-0.3211	-0.1594	0.2928	0.0308	-0.0335	0.7743	-0.1926	0.3416	-2.7493	35.4187	23.7942
25	7.9212	4.2057	1.5813	7.0516	-0.0946	3.2161	0.404	0.615	-0.6146	0.3639	0.0583	-0.8366	-0.074	0.9255	-0.3366	0.2692	0.1063	-0.1162	0.8846	-0.2641	0.4735	15.1819	39.6665	26.2053
26	1.3092	0.8612	0.1506	1.8664	-0.0526	5.5875	0.4988	0.7197	-1.5541	0.7039	-0.3661	-0.4238	1.0032	0.1899	-0.2427	0.5715	0.0551	-0.0944	0.8862	-0.3913	0.7881	3.9619	25.5178	24.3594
27	1.449	0.6173	1.6504	2.1824	2.209	3.0553	0.2044	1.1526	-0.3992	-0.0797	0.0151	-0.0048	0.1379	0.4051	0.0276	0.2682	0.0738	-0.1231	1.1001	-0.3805	0.2689	2.4486	35.7479	20.368
28	1.6924	3.0346	2.3016	5.5068	3.9175	4.6875	0.1274	0.6457	-0.1141	-0.0581	-0.0635	0.2447	-0.0089	-0.1126	0.3787	0.1674	0.0579	-0.1169	0.9913	-0.375	0.4017	-5.5763	34.9258	19.1955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:32)	A	5 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 33:75)	A	33 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 76:160)	A	76 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 161:260)	A	161 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 2:17)	C	2 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 18:25)	C	18 - 25
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 26:35)	C	26 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 36:52)	C	36 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 53:67)	C	53 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 68:79)	C	68 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 80:88)	C	80 - 88
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 89:95)	C	89 - 95
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 96:120)	C	96 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 121:135)	C	121 - 135
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 3:56)	B	3 - 56
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 57:97)	B	57 - 97
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 98:122)	B	98 - 122
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 123:160)	B	123 - 160
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 161:248)	B	161 - 248
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 249:267)	B	249 - 267
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 2:17)	D	2 - 17
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 18:30)	D	18 - 30
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 31:39)	D	31 - 39
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 40:60)	D	40 - 60
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 61:72)	D	61 - 72
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 73:80)	D	73 - 80
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 81:120)	D	81 - 120
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 121:139)	D	121 - 139

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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