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万見
- PDB-6oc9: S8 phosphorylated beta amyloid 40 fibrils -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oc9
タイトルS8 phosphorylated beta amyloid 40 fibrils
要素Amyloid-beta precursor protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / amyloid fibrils / beta amyloid / phosphorylation / post-translational modification
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / astrocyte projection / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / positive regulation of protein metabolic process / dendrite development / TRAF6 mediated NF-kB activation / modulation of excitatory postsynaptic potential / signaling receptor activator activity / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / transition metal ion binding / main axon / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / cellular response to cAMP / adult locomotory behavior / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / dendritic shaft / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / visual learning / cellular response to nerve growth factor stimulus / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / response to lead ion / Golgi lumen / cognition / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of gene expression / regulation of translation / early endosome membrane / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G alpha (q) signalling events / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHONATE / Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Qiang, W. / Hu, Z.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM125853 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Molecular structure of an N-terminal phosphorylated beta-amyloid fibril.
著者: Hu, Z.W. / Vugmeyster, L. / Au, D.F. / Ostrovsky, D. / Sun, Y. / Qiang, W.
履歴
登録2019年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein
C: Amyloid-beta precursor protein
D: Amyloid-beta precursor protein
E: Amyloid-beta precursor protein
F: Amyloid-beta precursor protein
G: Amyloid-beta precursor protein
H: Amyloid-beta precursor protein
I: Amyloid-beta precursor protein
J: Amyloid-beta precursor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,15820
ポリマ－43,35910
非ポリマー80010
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The assemble restraints were obtained through solid-state NMR distance measurements
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area30030 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area18390 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Amyloid-beta precursor protein / APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 ...APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 4335.852 Da / 分子数: 10 / 断片: residues 616-655 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
#2: 化合物
ChemComp-2PO / PHOSPHONATE / ホスホン酸ジアニオン


分子量: 79.980 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO3P

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D Spin Diffusion
123anisotropic11D PITHIRDs-CT
133anisotropic11D 13C-31P REDOR
142anisotropic22H relaxation
152anisotropic22H static

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
fibrous protein150 uM 13C, 15N-uniformly labeled E3, G9, V18, F20, D23, S26, K28 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled A2, F4, D7, Y10, V24, G25 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled Q15, F19, A21, I31, L34, V36, G37 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled V12, E22, G29, A30, M35 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled E11, L17, N27, I32, G33, G38, V39 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled F19, L34 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled E3, F4, V24, G25, S26 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled V12, F20, E22 beta amyloid peptide, 50 uM 13C, 15N-uniformly labeled I31, G33, V39 beta amyloid peptide, water13C, 15N-uniformly labeledwater
fibrous protein250 uM 2H labeled L17, 2H-CD3 beta amyloid peptide, 50 uM 2H labeled F19, 2H-ring-D5 beta amyloid peptide, 50 2H labeled uM L34, 2H-CD3 beta amyloid peptide, 50 uM 2H labeled M35, 2H-CD3 beta amyloid peptide, 50 uM 2H labeled V36, 2H-CD3 beta amyloid peptide, water2H labeledwater
fibrous protein350 uM 13C selective labeled A2-CH3, V12-CO beta amyloid peptide, 50 uM 13C selective labeled V18-CO, A21-CH3 beta amyloid peptide, 50 uM 13C selective labeled V24-CO, A30-CH3 beta amyloid peptide, 50 uM 13C selective labeled G33-CO, V39-Ca beta amyloid peptide, 50 uM 13C selective labeled V36-Ca, G38-CO beta amyloid peptide, 50 uM 13C selective labeled G9-CO beta amyloid peptide, water13C selective labeledwater
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 uME3, G9, V18, F20, D23, S26, K28 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uMA2, F4, D7, Y10, V24, G25 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uMQ15, F19, A21, I31, L34, V36, G37 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uMV12, E22, G29, A30, M35 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uME11, L17, N27, I32, G33, G38, V39 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uMF19, L34 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uME3, F4, V24, G25, S26 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uMV12, F20, E22 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uMI31, G33, V39 beta amyloid peptide13C, 15N-uniformly labeled1
50 uML17, 2H-CD3 beta amyloid peptide2H labeled2
50 uMF19, 2H-ring-D5 beta amyloid peptide2H labeled2
50 uML34, 2H-CD3 beta amyloid peptide2H labeled2
50 uMM35, 2H-CD3 beta amyloid peptide2H labeled2
50 uMV36, 2H-CD3 beta amyloid peptide2H labeled2
50 uMA2-CH3, V12-CO beta amyloid peptide13C selective labeled3
50 uMV18-CO, A21-CH3 beta amyloid peptide13C selective labeled3
50 uMV24-CO, A30-CH3 beta amyloid peptide13C selective labeled3
50 uMG33-CO, V39-Ca beta amyloid peptide13C selective labeled3
50 uMV36-Ca, G38-CO beta amyloid peptide13C selective labeled3
50 uMG9-CO beta amyloid peptide13C selective labeled3
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: condition_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 280 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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