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- PDB-6ob8: Crystal structure of a dual sensor histidine kinase in green ligh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ob8
タイトルCrystal structure of a dual sensor histidine kinase in green light illuminated state
要素Dual sensor histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyanobacteriochrome / photoreceptors / tandem sensors
機能・相同性PHYCOCYANOBILIN
機能・相同性情報
生物種[Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Heewhan, S. / Zhong, R. / Xiaoli, Z. / Sepalika, B. / Xiaojing, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01EY024363 米国
Other privateCBC C-086 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis of molecular logic OR in a dual-sensor histidine kinase.
著者: Shin, H. / Ren, Z. / Zeng, X. / Bandara, S. / Yang, X.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual sensor histidine kinase
B: Dual sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8438
ポリマ－72,5682
非ポリマー1,2756
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.059, 72.059, 253.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROALAALAchain AAA2 - 3082 - 308
2GLNGLNHISHISchain BBB3 - 3113 - 311

-
要素

#1: タンパク質 Dual sensor histidine kinase


分子量: 36284.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, magnesium chloride, HEPES. Crystals grown in dark. Illuminated using green light at various temperature (100-293K)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 37588 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 44.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.635 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 349196
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.197.61.2718320.6550.4941.3650.854100
2.19-2.238.81.19418270.7450.4261.270.878100
2.23-2.279.71.06118500.8380.3581.120.888100
2.27-2.329.80.89618480.8670.30.9450.901100
2.32-2.379.80.76818330.8730.2560.810.923100
2.37-2.429.70.66518470.8980.2230.7020.978100
2.42-2.489.80.56118540.9280.1880.5920.972100
2.48-2.559.80.42618350.9580.1430.451.049100
2.55-2.629.80.3618540.9640.1210.381.08100
2.62-2.719.70.31918450.9690.1070.3361.147100
2.71-2.819.70.24718620.9820.0830.2611.293100
2.81-2.929.70.20418750.9870.0690.2161.484100
2.92-3.059.60.17618510.9910.060.1861.78100
3.05-3.219.60.14518820.9910.050.1532.044100
3.21-3.419.50.1118970.9940.0380.1162.313100
3.41-3.689.40.08318830.9970.0280.0872.443100
3.68-4.059.10.07119120.9960.0250.0762.817100
4.05-4.638.60.0619410.9980.0220.0643.384100
4.63-5.838.70.05219580.9980.0180.0552.931100
5.83-507.90.04421020.9980.0170.0472.65898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W2Z, 4ZYL

3w2z

4zyl


解像度: 2.3→41.498 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 1641 5.33 %
Rwork0.2084 29129 -
obs0.2108 30770 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 301.57 Å2 / Biso mean: 68.8995 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→41.498 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4952 0 176 138 5266
Biso mean--148.12 57.98 -
残基数----614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01710330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1514062
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6413848
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2674X-RAY DIFFRACTION14.238TORSIONAL
12B2674X-RAY DIFFRACTION14.238TORSIONAL
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.837 Å / Origin y: -46.109 Å / Origin z: 53.547 Å
111213212223313233
T2.2194 Å2-0.7856 Å2-0.4589 Å2-3.0088 Å20.6613 Å2--0.2095 Å2
L0.3541 °2-0.5613 °2-0.4046 °2-2.2378 °2-0.9828 °2--4.6646 °2
S-0.1631 Å °-0.8056 Å °-0.0981 Å °0.584 Å °0.1703 Å °0.1804 Å °0.908 Å °0.1518 Å °0.0353 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ( CHAIN B AND RESID 401:401 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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