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万見
- PDB-6ob2: Crystal structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ob2
タイトルCrystal structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1)
要素
  • GTPase KRas
  • Neurofibromin
キーワードGTP Binding/Lipid Binding / KRAS / RAS / KRAS4b / NF1 / GAP / Neurofibromin / GTP Binding-Lipid Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / negative regulation of mast cell proliferation ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / negative regulation of mast cell proliferation / mast cell apoptotic process / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of cell-matrix adhesion / forebrain morphogenesis / hair follicle maturation / negative regulation of neurotransmitter secretion / cell communication / regulation of blood vessel endothelial cell migration / smooth muscle tissue development / camera-type eye morphogenesis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / myelination in peripheral nervous system / myeloid leukocyte migration / phosphatidylcholine binding / phosphatidylethanolamine binding / metanephros development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of Ras protein signal transduction / collagen fibril organization / regulation of bone resorption / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / endothelial cell proliferation / forebrain astrocyte development / artery morphogenesis / regulation of postsynapse organization / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of neuroblast proliferation / adrenal gland development / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of MAPK cascade / type I pneumocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / pigmentation / regulation of GTPase activity / spinal cord development / Rac protein signal transduction / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / positive regulation of glial cell proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / negative regulation of astrocyte differentiation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / neuroblast proliferation / SHC1 events in EGFR signaling / Signalling to RAS / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / regulation of angiogenesis / SHC1 events in ERBB2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / negative regulation of angiogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / IMIDAZOLE / GTPase KRas / Neurofibromin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.845 Å
データ登録者Tran, T.H. / Dharmaiah, S. / Simanshu, D.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: KRAS G13D sensitivity to neurofibromin-mediated GTP hydrolysis.
著者: Rabara, D. / Tran, T.H. / Dharmaiah, S. / Stephens, R.M. / McCormick, F. / Simanshu, D.K. / Holderfield, M.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: Neurofibromin
C: GTPase KRas
D: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,52312
ポリマ－97,1414
非ポリマー1,3828
水75742
1
A: GTPase KRas
B: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4068
ポリマ－48,5712
非ポリマー8356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
2
C: GTPase KRas
D: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1174
ポリマ－48,5712
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.728, 99.736, 155.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
21chain C
12(chain B and (resid 1219 through 1265 or (resid 1266...
22(chain D and (resid 1219 through 1254 or (resid 1255...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETMETMET(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA12
121METMETGOLGOL(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - E1 - 2012
131METMETGOLGOL(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - E1 - 2012
141METMETGOLGOL(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - E1 - 2012
151METMETGOLGOL(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - E1 - 2012
211METMETLYSLYSchain CCC1 - 1652 - 166
112GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 1219 through 1265 or (resid 1266...BB1219 - 126512 - 58
122GLUGLUSERSER(chain B and (resid 1219 through 1265 or (resid 1266...BB1266 - 127059 - 63
132GLYGLYHOHHOH(chain B and (resid 1219 through 1265 or (resid 1266...BB - N1219 - 160112
142GLYGLYHOHHOH(chain B and (resid 1219 through 1265 or (resid 1266...BB - N1219 - 160112
152GLYGLYHOHHOH(chain B and (resid 1219 through 1265 or (resid 1266...BB - N1219 - 160112
162GLYGLYHOHHOH(chain B and (resid 1219 through 1265 or (resid 1266...BB - N1219 - 160112
212GLYGLYTYRTYR(chain D and (resid 1219 through 1254 or (resid 1255...DD1219 - 125412 - 47
222GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 1219 through 1254 or (resid 1255...DD125548
232GLYGLYSERSER(chain D and (resid 1219 through 1254 or (resid 1255...DD1219 - 146312 - 256
242GLYGLYSERSER(chain D and (resid 1219 through 1254 or (resid 1255...DD1219 - 146312 - 256
252GLYGLYSERSER(chain D and (resid 1219 through 1254 or (resid 1255...DD1219 - 146312 - 256
262GLYGLYSERSER(chain D and (resid 1219 through 1254 or (resid 1255...DD1219 - 146312 - 256

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19328.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01116
#2: タンパク質 Neurofibromin / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 29241.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P21359

-
非ポリマー , 6種, 50分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0 and 19% PAA-co-maleic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.845→45.996 Å / Num. obs: 30699 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.42 % / Biso Wilson estimate: 73.851 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 13.88
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.845-3.026.1990.824247200.6640.89995.2
3.02-3.226.7090.4553.846240.8840.49299
3.22-3.486.6340.246.9843350.9710.2699.3
3.48-3.816.5470.13412.4139990.990.14599.2
3.81-4.266.4640.08917.8936200.9950.09699.4
4.26-4.916.2760.06423.7832510.9980.06999.1
4.91-66.2190.06224.2727480.9970.06798.5
6-8.416.2160.04829.0921520.9980.05297.3
8.41-45.9966.0760.03438.2412500.9990.03794

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NF1

1nf1


解像度: 2.845→45.996 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 2000 6.52 %
Rwork0.1993 --
obs0.2023 30689 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.65 Å2 / Biso mean: 81.4405 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.845→45.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6287 0 84 42 6413
Biso mean--78.2 65.25 -
残基数----820
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A978X-RAY DIFFRACTION7.271TORSIONAL
12C978X-RAY DIFFRACTION7.271TORSIONAL
21B1458X-RAY DIFFRACTION7.271TORSIONAL
22D1458X-RAY DIFFRACTION7.271TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.845-2.91650.35531280.31921849197790
2.9165-2.99530.33381430.29842041218499
2.9953-3.08340.32761430.278120402183100
3.0834-3.18290.3311420.26532046218899
3.1829-3.29670.30471410.25372024216599
3.2967-3.42860.32891430.25752057220099
3.4286-3.58460.28931420.21772031217399
3.5846-3.77350.26321430.20142066220999
3.7735-4.00980.25691440.19132063220799
4.0098-4.31920.23271470.174520872234100
4.3192-4.75340.19581440.15832070221499
4.7534-5.44030.20751450.17212084222999
5.4403-6.85060.25551460.20562091223798
6.8506-46.00220.19841490.17122140228995
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.0607 Å / Origin y: -12.4144 Å / Origin z: -19.4248 Å
111213212223313233
T0.3958 Å20.0704 Å20.0187 Å2-0.5162 Å20.0005 Å2--0.3742 Å2
L1.0453 °20.5156 °20.0458 °2-1.611 °20.0445 °2--1.3326 °2
S0.0077 Å °0.2562 Å °0.0887 Å °-0.057 Å °0.0283 Å °-0.2979 Å °-0.1117 Å °0.3295 Å °-0.0328 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 201
2X-RAY DIFFRACTION1allB1219 - 1601
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 165
4X-RAY DIFFRACTION1allD1219 - 1463
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 42
6X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 9

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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