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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oay | ||||||
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タイトル | Structure of the hyperactive ClpB mutant K476C, bound to casein, post-state | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / disaggregase / CLPB / AAA+ | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to heat / protein refolding / response to heat / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Rizo, A.R. / Lin, J.-B. / Gates, S.N. / Tse, E. / Bart, S.M. / Castellano, L.M. / Dimaio, F. / Shorter, J. / Southworth, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for substrate gripping and translocation by the ClpB AAA+ disaggregase. 著者: Alexandrea N Rizo / JiaBei Lin / Stephanie N Gates / Eric Tse / Stephen M Bart / Laura M Castellano / Frank DiMaio / James Shorter / Daniel R Southworth / 要旨: Bacterial ClpB and yeast Hsp104 are homologous Hsp100 protein disaggregases that serve critical functions in proteostasis by solubilizing protein aggregates. Two AAA+ nucleotide binding domains (NBDs) ...Bacterial ClpB and yeast Hsp104 are homologous Hsp100 protein disaggregases that serve critical functions in proteostasis by solubilizing protein aggregates. Two AAA+ nucleotide binding domains (NBDs) power polypeptide translocation through a central channel comprised of a hexameric spiral of protomers that contact substrate via conserved pore-loop interactions. Here we report cryo-EM structures of a hyperactive ClpB variant bound to the model substrate, casein in the presence of slowly hydrolysable ATPγS, which reveal the translocation mechanism. Distinct substrate-gripping interactions are identified for NBD1 and NBD2 pore loops. A trimer of N-terminal domains define a channel entrance that binds the polypeptide substrate adjacent to the topmost NBD1 contact. NBD conformations at the seam interface reveal how ATP hydrolysis-driven substrate disengagement and re-binding are precisely tuned to drive a directional, stepwise translocation cycle. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oay.cif.gz | 615.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oay.ent.gz | 493.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oay.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oay | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97018.469 Da / 分子数: 6 / 変異: K476C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63284*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) #3: 化合物 | ChemComp-AGS / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm |
撮影 | 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3211: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213059 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |