PDB-6oaw: Crystal structure of a CRISPR Cas-related protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oaw

タイトル

Crystal structure of a CRISPR Cas-related protein

要素

WYL1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / WYL domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Ruminococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, H. / Dong, C. / Li, L. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the modulatory role of the accessory protein WYL1 in the Type VI-D CRISPR-Cas system.
著者: Zhang, H. / Dong, C. / Li, L. / Wasney, G.A. / Min, J.

履歴

登録	2019年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oaw.cif.gz	315.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oaw.ent.gz	257.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oaw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oaw_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oaw_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	6oaw_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	6oaw_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oaw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a9j-1 1fiy-d 6ago-d 5a9j-2 6usr-d 4bq6-d 6p8r-d 1hsj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WYL1

B: WYL1

92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.768, 95.294, 77.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.760, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 391 / Label seq-ID: 4 - 392

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	WYL1 分子量: 45994.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruminococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: DCZ53_08630 / プラスミド: pET28-MKH8SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A352D0K5
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.015 M magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylate, 10% v/v 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97868 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97868 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.65 Å / Num. obs: 59861 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.371 / Num. unique obs: 4627 / CC_1/2: 0.641 / R_pim(I) all: 0.569 / R_rim(I) all: 1.487 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
SHELXDE		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 13.95 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.195
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2467	2554	4.9 %
R_work	0.2115	-	-
obs	0.2133	49263	99.22 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.69 Å² / B_iso mean: 46.952 Å² / B_iso min: 24.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.09 Å²	0 Å²	-1.39 Å²
2-	-	1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→39.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6020	0	31	82	6133
B_iso mean	-	-	37.43	40.97	-
残基数	-	-	-	-	772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6160
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.648	8357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.35	1.571	12807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.978	5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.757	22.282	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.909	15	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.236	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.519	2.878	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.519	2.877	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.422	4.309	3847

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11393 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	180	-
R_work	0.289	3612	-
all	-	3792	-
obs	-	-	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0218	0.5281	0.4926	2.4957	0.68	2.3166	-0.1294	-0.0089	0.1565	-0.0844	-0.0849	0.1918	-0.2588	-0.0915	0.2143	0.0963	-0.0238	0.0051	0.0829	-0.0538	0.0947	35.147	42.919	45.858
2	2.39	0.0696	-0.2004	4.0726	1.8761	5.9363	-0.032	0.1273	-0.0969	-0.2562	0.1902	-0.5632	0.1736	0.9624	-0.1582	0.0566	0.0025	0.0568	0.2227	-0.0367	0.0923	45.619	18.544	33.12
3	2.4268	0.2659	1.6814	2.1571	0.4231	6.3566	-0.0721	0.062	-0.1806	-0.3079	0.0417	-0.095	0.0836	0.0971	0.0303	0.2101	0.0865	0.0742	0.0593	0.0239	0.0555	40.085	11.282	65.691
4	0.997	-1.6858	0.3889	4.0416	-0.7095	1.2141	0.0572	-0.0437	-0.3095	-0.3784	0.0512	0.6939	0.3378	-0.2438	-0.1084	0.3551	-0.1199	-0.2044	0.1599	0.0709	0.2929	9.492	23.646	42.819
5	2.4773	-0.6157	-0.9552	2.194	0.626	6.1042	-0.1402	-0.3199	0.4964	0.2916	0.1378	0.4441	0.2197	-0.7076	0.0024	0.2559	0.0574	0.0277	0.2665	0.0117	0.3269	9.236	28.194	72.254
6	3.602	-1.2576	-0.333	6.3003	0.1455	3.8936	0.0777	-0.138	0.2281	-0.1159	-0.1553	-0.1278	-0.5411	-0.0159	0.0776	0.1914	0.1001	-0.0019	0.1083	0.0007	0.0184	39.371	23.692	78.754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	175 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	303 - 391
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	392
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	175 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	303 - 391

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