[日本語] English
万見
- PDB-6oaq: Crystal structure of a dual sensor histidine kinase in BeF3- boun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oaq
タイトルCrystal structure of a dual sensor histidine kinase in BeF3- bound state
要素Dual sensor histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyanobacteriochrome / photoreceptors / tandem sensors
機能・相同性BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / PHYCOCYANOBILIN
機能・相同性情報
生物種[Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Heewhan, S. / Zhong, R. / Xiaoli, Z. / Sepalika, B. / Xiaojing, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01EY024363 米国
Other privateCBC C-086 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis of molecular logic OR in a dual-sensor histidine kinase.
著者: Shin, H. / Ren, Z. / Zeng, X. / Bandara, S. / Yang, X.
履歴
登録2019年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dual sensor histidine kinase
B: Dual sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9099
ポリマ－72,5682
非ポリマー1,3417
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.526, 73.526, 253.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Dual sensor histidine kinase


分子量: 36284.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, magnesium chloride, HEPES, Crystals grown in dark, Soaked in phosphorylation mimic solution containing BeSO4, NaF, MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21951 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.584 / Net I/σ(I): 28.54
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Num. unique obs: 1790 / Rpim(I) all: 0.611 / Rrim(I) all: 0.45 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W2Z, 4ZYL

3w2z

4zyl


解像度: 2.54→44.285 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 1914 9.14 %
Rwork0.1908 --
obs0.1955 20930 87.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→44.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 94 52 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9476890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7531885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.60350.36621260.30521252X-RAY DIFFRACTION83
2.6035-2.67390.31311240.2861231X-RAY DIFFRACTION82
2.6739-2.75260.2811250.26521244X-RAY DIFFRACTION82
2.7526-2.84140.29371260.24791249X-RAY DIFFRACTION82
2.8414-2.9430.33131270.25041254X-RAY DIFFRACTION81
2.943-3.06080.31781260.26911262X-RAY DIFFRACTION82
3.0608-3.20.34471260.24251258X-RAY DIFFRACTION83
3.2-3.36870.29211290.22841271X-RAY DIFFRACTION83
3.3687-3.57970.26191320.21231314X-RAY DIFFRACTION85
3.5797-3.85590.26071390.19991381X-RAY DIFFRACTION89
3.8559-4.24370.24271460.17611458X-RAY DIFFRACTION94
4.2437-4.85710.19581550.14811529X-RAY DIFFRACTION96
4.8571-6.11680.22041610.17631605X-RAY DIFFRACTION99
6.1168-44.29160.19511720.16321708X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1610.6381-0.9146.1182-0.65186.60330.06190.05810.33560.191-0.00050.2069-0.48970.0376-0.08010.5248-0.0097-0.05870.380.09040.3639-15.8905-6.841912.0715
23.17160.8127-0.77685.66-1.93848.53160.21370.6085-0.4775-0.2796-0.20290.28550.70970.05780.06780.58170.1292-0.08310.4797-0.12180.5296-23.4485-48.81745.6445
38.05970.7768-0.28424.29330.76266.17650.4202-0.14210.05060.2028-0.3590.18250.118-0.2786-0.06930.5377-0.0393-0.08020.423-0.03220.4069-3.0024-11.61437.4989
42.97370.5147-0.77475.0810.86917.0435-0.0409-0.6306-0.62840.8782-0.02060.04760.94220.0472-0.02990.8510.13090.07120.64010.2370.6461-24.2871-47.122743.7037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:115 )A3 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 155:308 )A155 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 3:115 )B3 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 155:307 )B155 - 307

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る