PDB-6oap: Crystal structure of a dual sensor histidine kinase in the green-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oap

タイトル

Crystal structure of a dual sensor histidine kinase in the green-light absorbing Pg state

要素

Dual sensor histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Cyanobacteriochrome / photoreceptors / tandem sensors

機能・相同性

Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHYCOCYANOBILIN

機能・相同性情報

生物種

[Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Heewhan, S. / Zhong, R. / Xiaoli, Z. / Sepalika, B. / Xiaojing, Y.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis of molecular logic OR in a dual-sensor histidine kinase.
著者: Shin, H. / Ren, Z. / Zeng, X. / Bandara, S. / Yang, X.

履歴

登録	2019年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oap.cif.gz	256 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oap.ent.gz	207.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oaqC 6ob8C 3w2zS 4zylS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ob8-d 6oaq-d 6bxa-2 4lqk-d 4etz-d 6tus-d 5wty-2 6zxc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual sensor histidine kinase

B: Dual sensor histidine kinase

ヘテロ分子

73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.532, 72.532, 254.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-633- HOH

#1: タンパク質	Dual sensor histidine kinase 分子量: 36284.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) [Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, HEPES. Crystals grown in dark

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 47992 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 38.416150823 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.596 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	10.7	1.139	2336	0.68	0.36	1.197	0.403	97.2
2-2.04	12	1.01	2345	0.824	0.301	1.055	0.403	97.6
2.04-2.08	12.6	0.888	2376	0.866	0.258	0.925	0.419	97.7
2.08-2.12	13.3	0.717	2351	0.917	0.201	0.746	0.408	97.7
2.12-2.17	13.5	0.594	2360	0.945	0.166	0.617	0.417	97.9
2.17-2.22	13.4	0.49	2393	0.963	0.137	0.509	0.428	97.9
2.22-2.27	13.2	0.425	2384	0.969	0.12	0.442	0.44	98
2.27-2.34	13.3	0.344	2395	0.979	0.096	0.357	0.429	98.2
2.34-2.4	12.8	0.264	2366	0.984	0.076	0.275	0.435	98.2
2.4-2.48	11.8	0.207	2362	0.987	0.062	0.217	0.453	97.2
2.48-2.57	12.6	0.151	2156	0.994	0.043	0.157	0.452	87.1
2.57-2.67	14.1	0.146	2402	0.995	0.04	0.152	0.47	98.6
2.67-2.8	13.9	0.114	2436	0.997	0.031	0.118	0.492	98.7
2.8-2.94	13.9	0.09	2422	0.998	0.025	0.094	0.545	98.8
2.94-3.13	13.7	0.073	2449	0.999	0.02	0.076	0.613	98.9
3.13-3.37	13.5	0.059	2447	0.999	0.016	0.061	0.758	98.9
3.37-3.71	13.3	0.051	2483	0.999	0.014	0.053	0.881	99
3.71-4.24	12.5	0.045	2519	0.999	0.013	0.047	0.982	99
4.24-5.35	12.1	0.04	2289	0.999	0.012	0.042	1.178	89.3
5.35-50	12.9	0.038	2721	0.999	0.011	0.039	1.211	97.8

Serial crystallography sample delivery

手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W2Z, 4ZYL

3w2z

4zyl

解像度: 1.97→36.266 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2375	2000	4.17 %
R_work	0.1818	-	-
obs	0.1841	47964	97.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→36.266 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4895	0	90	296	5281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5140
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.385	6983
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.618	1906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	790
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	915

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9699-2.0192	0.3384	139	0.2832	3206	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0192-2.0738	0.3369	141	0.2583	3226	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0738-2.1348	0.3174	141	0.2402	3248	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1348-2.2037	0.3013	141	0.22	3238	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2037-2.2824	0.2553	142	0.2137	3258	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2824-2.3738	0.2843	141	0.2172	3238	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3738-2.4818	0.3156	141	0.2171	3262	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4818-2.6126	0.2562	133	0.2049	3041	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6126-2.7762	0.2687	144	0.2163	3310	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7762-2.9905	0.2406	144	0.2113	3322	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9905-3.2913	0.2625	147	0.1976	3372	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2913-3.7671	0.2396	148	0.1676	3396	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7671-4.7445	0.1824	143	0.1396	3287	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7445-36.2721	0.1939	155	0.1546	3560	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3285	0.6579	-0.4128	3.5364	-0.4126	6.6052	0.0812	-0.0666	0.4135	0.2031	-0.0251	0.1498	-0.603	0.1065	-0.0199	0.3008	-0.027	-0.0047	0.1938	0.015	0.2491	-15.6132	-6.3553	11.9344
2	5.8161	1.692	0.9532	3.748	0.1816	5.0506	0.1712	-0.0511	-0.0122	0.0997	-0.1194	0.1569	0.1609	-0.0683	-0.0116	0.3471	-0.0158	-0.0628	0.1773	-0.0338	0.2559	-3.2673	-11.1597	37.4209
3	3.225	0.017	-1.0241	3.4328	-0.3528	6.7449	0.062	0.3361	-0.4045	-0.2848	-0.1061	0.2737	0.4109	-0.1429	0.0346	0.4169	0.0196	-0.0773	0.1886	-0.0563	0.3976	-23.1669	-48.7116	5.3065
4	3.556	1.2911	-0.0268	4.6734	1.0148	5.2028	0.0183	-0.9312	-0.7434	0.7024	-0.006	-0.0983	0.6021	-0.0951	-0.0768	0.5958	0.0918	0.0851	0.5006	0.2555	0.4802	-24.0178	-47.1479	43.5477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 3:115))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ((resseq 3:115))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ((resseq 155:308))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 155:308))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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