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- PDB-6o9u: KirBac3.1 at a resolution of 2 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9u
タイトルKirBac3.1 at a resolution of 2 Angstroms
要素Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set ...G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / trimethylamine oxide / 3,3',3''-phosphoryltripropanoic acid / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gulbis, J.M. / Clarke, O.B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A constricted opening in Kir channels does not impede potassium conduction.
著者: Black, K.A. / He, S. / Jin, R. / Miller, D.M. / Bolla, J.R. / Clarke, O.B. / Johnson, P. / Windley, M. / Burns, C.J. / Hill, A.P. / Laver, D. / Robinson, C.V. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
履歴
登録2019年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,37318
ポリマ－33,7831
非ポリマー2,59017
水3,009167
1
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,49372
ポリマ－135,1314
非ポリマー10,36268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area31740 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area43210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.955, 105.955, 89.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

K

21A-405-

K

31A-406-

K

41A-407-

K

51A-408-

K

61A-409-

K

71A-410-

K

81A-413-

BA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1


分子量: 33782.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N164

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非ポリマー , 7種, 184分子

#2: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / DOPC


分子量: 787.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-Z3P / 3,3',3''-phosphoryltripropanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィンオキシド


分子量: 266.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O7P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5% PEG 4k, 2.5% PEG 8k, 10-17% PEG 400, 90 mM HEPES pH 7.5, 1 mM TCEP, and 50 mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.61 Å / Num. obs: 65702 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 14.97
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 6508 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XL4

1xl4


解像度: 2→45.608 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 22.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 3311 5.04 %
Rwork0.2021 --
obs0.2034 65702 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.46 Å2 / Biso mean: 43.0896 Å2 / Biso min: 22.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 0 121 168 2504
Biso mean--57.44 45.36 -
残基数----283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5453197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2751359
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0002-2.02880.31971370.33172542267999
2.0288-2.05910.3151280.310425962724100
2.0591-2.09130.32381400.30526072747100
2.0913-2.12560.30461450.286726112756100
2.1256-2.16220.29021150.286626232738100
2.1622-2.20150.2681470.26725982745100
2.2015-2.24390.2681370.26525922729100
2.2439-2.28970.25881260.246825902716100
2.2897-2.33950.26121400.243726322772100
2.3395-2.39390.26091720.227925792751100
2.3939-2.45370.23231340.220925992733100
2.4537-2.52010.21931530.211625742727100
2.5201-2.59420.24851520.198825832735100
2.5942-2.6780.25321540.191325892743100
2.678-2.77370.22971390.19226452784100
2.7737-2.88470.24091340.18926042738100
2.8847-3.0160.20881490.171226002749100
3.016-3.17490.21521660.170825482714100
3.1749-3.37380.2211220.167226172739100
3.3738-3.63420.20641080.166626482756100
3.6342-3.99970.18381310.174525942725100
3.9997-4.5780.22941310.1692602273399
4.578-5.7660.19491350.188826222757100
5.766-45.61960.20991160.22972596271299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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