+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o9l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human holo-PIC in the closed state | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / Transcription initiation / Molecular dynamics / Gene regulation / Community network analysis / Global protein dynamics / RNA polymerase / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / regulation of transcription by RNA polymerase I ...LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of mitotic recombination / positive regulation of core promoter binding / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase II core complex assembly / hair follicle maturation / hair cell differentiation / ventricular system development / nucleotide-excision repair factor 3 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / transcription factor TFIIE complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / phosphatase activator activity / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIIK complex / UV protection / embryonic cleavage / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / DNA 5'-3' helicase / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIF complex / adult heart development / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / G protein-coupled receptor internalization / male pronucleus / transcription factor TFIIH core complex / female pronucleus / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / DNA 3'-5' helicase / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / MicroRNA (miRNA) biogenesis / FGFR2 alternative splicing / nuclear thyroid hormone receptor binding / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Viral Messenger RNA Synthesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FGFR2 IIIa TM / 3'-5' DNA helicase activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / spinal cord development / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / mRNA Capping / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / protein acetylation / bone mineralization / cell division site / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / erythrocyte maturation / RNA polymerase II complex binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / viral transcription / acetyltransferase activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase I / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / aryl hydrocarbon receptor binding / DNA topological change / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear-transcribed mRNA catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, C.L. / Dodd, T. / He, Y. / Tainer, J.A. / Tsutakawa, S.E. / Ivanov, I. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly. 著者: Robert K Louder / Yuan He / José Ramón López-Blanco / Jie Fang / Pablo Chacón / Eva Nogales / 要旨: The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the ...The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the core promoter. TFIID comprises the TATA-binding protein (TBP) and 13 TBP-associated factors (TAF1-13), which specifically interact with a variety of core promoter DNA sequences. Here we present the structure of human TFIID in complex with TFIIA and core promoter DNA, determined by single-particle cryo-electron microscopy at sub-nanometre resolution. All core promoter elements are contacted by subunits of TFIID, with TAF1 and TAF2 mediating major interactions with the downstream promoter. TFIIA bridges the TBP-TATA complex with lobe B of TFIID. We also present the cryo-electron microscopy reconstruction of a fully assembled human TAF-less PIC. Superposition of common elements between the two structures provides novel insights into the general role of TFIID in promoter recognition, PIC assembly, and transcription initiation. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o9l.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6o9l.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9l | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 8種, 8分子 ABCDEGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 134071.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30876, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 31478.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19387 |
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15514 |
#5: タンパク質 | 分子量: 24584.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19388 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62487 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36954 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52435 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 4種, 4分子 FHJL
#6: タンパク質 | 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61218 |
---|---|
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52434 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62875 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53803 |
-Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MNOR
#13: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase |
---|---|
#14: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52655 |
#15: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52657 |
#18: タンパク質 | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29084 |
-タンパク質 , 6種, 6分子 PQU389
#16: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226 |
---|---|
#17: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083 |
#21: タンパク質 | 分子量: 34022.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23193 |
#25: タンパク質 | 分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51948 |
#30: タンパク質 | 分子量: 39090.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P50613, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase |
#31: タンパク質 | 分子量: 37695.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51946 |
-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 ST
#19: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35269 |
---|---|
#20: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase |
-TFIIH basal transcription factor complex helicase ... , 2種, 2分子 07
#22: タンパク質 | 分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC2, XPD, XPDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18074, DNA helicase |
---|---|
#29: タンパク質 | 分子量: 89404.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19447, DNA helicase |
-General transcription factor IIH subunit ... , 5種, 5分子 12456
#23: タンパク質 | 分子量: 62116.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32780 |
---|---|
#24: タンパク質 | 分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92759 |
#26: タンパク質 | 分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13889 |
#27: タンパク質 | 分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZYL4 |
#28: タンパク質 | 分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13888 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#32: DNA鎖 | 分子量: 20214.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#33: DNA鎖 | 分子量: 19867.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 20分子
#34: 化合物 | #35: 化合物 | ChemComp-ZN / #36: 化合物 | ChemComp-SF4 / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: holo-PIC in the closed state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 7.2 Å / 粒子像の数: 24290 | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: Initial model assembled from high-resolution structures and homology models, subsequently rebuilt in COOT, refined into the Cryo-EM map using Phenix and fully validated. |