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- PDB-6o9e: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9e
タイトルStructure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA and INDOPY-1
要素
  • (Reverse transcriptase ...) x 2
  • DNA (38-MER)
キーワードTRANSFERASE/DNA / Human immunodeficiency virus 1 / Protein/DNA / nucleotide-competing reverse transcriptase inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Chem-IY1 / AMMONIUM ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ruiz, F.X. / Hoang, A. / Das, K. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)MERIT Award R37 AI027690 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of HIV-1 Inhibition by Nucleotide-Competing Reverse Transcriptase Inhibitor INDOPY-1.
著者: Ruiz, F.X. / Hoang, A. / Das, K. / Arnold, E.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase p66
B: Reverse transcriptase p51
C: Reverse transcriptase p66
D: Reverse transcriptase p51
F: DNA (38-MER)
E: DNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,10524
ポリマ－251,4366
非ポリマー2,66818
水2,000111
1
A: Reverse transcriptase p66
B: Reverse transcriptase p51
E: DNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,39815
ポリマ－125,7183
非ポリマー1,68012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15040 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area46290 Å2
手法PISA
2
C: Reverse transcriptase p66
D: Reverse transcriptase p51
F: DNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7079
ポリマ－125,7183
非ポリマー9896
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area47350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.762, 127.663, 131.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Reverse transcriptase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Reverse transcriptase p66


分子量: 63874.133 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S, D498N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 Reverse transcriptase p51


分子量: 50096.539 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin

-
DNA鎖 / 糖 , 2種, 4分子 FE

#3: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 11747.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 127分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-IY1 / 5-methyl-1-(4-nitrophenyl)-2-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrido[3,2-b]indole-3-carbonitrile / Indopy-1


分子量: 344.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 113545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 73.6 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 6.118 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5622 / CC1/2: 0.311 / Rpim(I) all: 2.035 / Rrim(I) all: 6.45 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D3G

5d3g


解像度: 2.4→50 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1998 1.76 %
Rwork0.203 --
obs0.2037 113316 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15836 1441 175 111 17563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48924857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4916945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032923
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.43251410.40047836X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.52660.38151430.3657928X-RAY DIFFRACTION100
2.5266-2.60090.3691430.34217879X-RAY DIFFRACTION100
2.6009-2.68490.35251400.32247933X-RAY DIFFRACTION100
2.6849-2.78080.29861420.30517925X-RAY DIFFRACTION100
2.7808-2.89220.31461430.26637940X-RAY DIFFRACTION100
2.8922-3.02380.29521420.2477915X-RAY DIFFRACTION100
3.0238-3.18320.26241430.23867972X-RAY DIFFRACTION100
3.1832-3.38270.27861420.23497944X-RAY DIFFRACTION100
3.3827-3.64390.25611430.2067957X-RAY DIFFRACTION100
3.6439-4.01060.23531440.18627983X-RAY DIFFRACTION100
4.0106-4.59090.17491430.16667987X-RAY DIFFRACTION100
4.5909-5.78390.22441430.17898003X-RAY DIFFRACTION100
5.7839-500.22961460.17588116X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8496-2.9707-2.41857.41892.83832.23740.1974-0.57151.54180.73920.4467-1.3777-0.96860.3469-0.64611.7730.0133-0.1031.1531-0.15991.0776-22.527682.5125-15.3778
22.7881-1.2625-2.01932.58911.68314.61420.5054-0.10620.87760.1099-0.0068-0.2782-1.247-0.2807-0.35920.90230.10790.08830.54840.11180.9235-27.09376.7132-45.2128
38.1486-1.2954-1.48734.78251.13294.2554-0.03560.2597-0.28390.24840.2573-0.57950.06440.5768-0.20690.361-0.0716-0.02920.66430.0150.70885.961351.0731-68.1268
42.3225-0.1866-0.88225.48791.03533.0329-0.2315-0.3251-0.59160.97740.13760.48430.6126-0.40410.01410.80730.04010.18750.73190.24470.8538-35.553746.3831-33.7602
54.29821.5624-3.88921.6163-1.26615.5185-0.58990.5302-1.02260.13430.0570.22990.9612-0.46370.58930.8498-0.12830.10580.6056-0.05711.2394-18.843127.9944-55.2033
64.3978-1.24030.56844.1938-1.26894.945-0.26870.2655-0.25010.1695-0.062-0.11280.3110.1860.33320.4512-0.04190.03880.48640.12530.8018-20.761241.505-53.0647
71.73880.05510.70011.93362.352.4330.3362-1.316-0.39611.52860.3484-0.42560.98310.0456-0.64952.789-0.5776-0.3752.1860.27661.0388-16.3549-6.072122.6327
82.41881.24961.21425.2787-2.24822.93050.6321-1.0381-0.33470.7789-0.5612-1.09170.34070.2325-0.06011.9204-0.4478-0.091.68840.10750.8471-16.00925.80628.7052
92.05161.6061-0.00752.1797-0.232.39440.8484-1.31880.36821.7942-0.5166-0.0005-0.12250.1131-0.24372.4403-0.7162-0.03191.8915-0.1470.8176-18.506311.23569.577
107.5418-1.98920.43767.3940.35474.61730.38780.05390.56061.0811-0.2543-1.4348-0.6241.0656-0.12721.2259-0.385-0.15981.14590.05970.8097-2.020314.1425-14.0158
114.88520.6843-2.72743.60173.11418.34360.2374-0.25710.26040.5724-0.15220.0639-0.46510.1158-0.08180.7256-0.073-0.01080.42770.14740.5862-17.219913.4256-26.1193
122.971-1.4372-1.02042.69840.74534.68640.050.3417-0.17820.0750.0892-0.32210.23170.6872-0.17550.313-0.0224-0.06520.75420.06330.7027-2.8682-8.4066-47.8648
130.7885-0.825-0.40335.2477-0.89897.4563-0.05430.0795-0.05910.2988-0.0148-0.263-0.05680.79820.0610.32350.0018-0.05570.66310.12870.6464-4.0046-4.3036-42.9806
146.69992.60221.92427.4412-2.58615.43340.22550.3067-1.0897-0.7583-0.36820.49280.92750.4770.11320.5150.06470.06950.8184-0.01670.733-8.2886-13.5418-52.0089
154.53180.1101-0.18455.4494-0.38444.12550.3949-0.61580.15481.3419-0.26450.44340.3697-0.8464-0.21851.5107-0.4460.35451.3814-0.04980.7614-38.9799-1.7862-7.9883
161.76590.75081.84231.5903-0.05331.79590.6535-0.891-0.05551.1574-0.52090.80470.4303-1.3721-0.15411.5259-0.56070.50242.0462-0.12911.1518-47.6436-9.8252-11.3994
173.8237-1.63814.98476.587-1.70598.0344-0.119-0.21570.64040.2119-0.44030.8668-0.7416-1.35090.67611.0109-0.02490.32952.0523-0.15341.4713-58.4641-5.9171-25.2465
182.58360.6761-1.33031.92182.36736.30690.10450.0052-0.47790.3388-0.40170.0720.408-0.3770.3110.44040.02320.00830.67020.13950.7181-29.153-14.868-48.2375
198.01313.98352.80445.96351.31725.21990.27760.0496-0.3630.4553-0.3667-0.33470.0966-0.23740.11090.7463-0.09290.11090.69940.08840.6375-32.579-5.0636-28.9361
203.93870.238-0.79592.35920.50430.22760.5358-0.6387-0.41611.5794-0.5737-0.92770.7026-0.1358-0.03281.7689-0.1873-0.28691.18390.30691.0167-11.5925-6.2729-12.5123
217.0154-4.4942-0.79633.47073.19879.84150.3887-0.3713-1.15641.5646-1.04050.0021.046-1.10030.57171.3184-0.14780.19240.99220.12181.1196-10.9227-12.7494-23.9456
224.34430.648-2.72877.12567.2322.02250.8919-1.725-0.93132.2324-0.8852-0.82260.05850.9437-0.44312.3002-0.6499-0.49991.77520.15430.9333-8.03714.3441-1.7657
238.41461.4848-4.06316.8678-4.22067.12030.0243-0.88750.93281.12530.4003-0.715-0.77841.2678-0.45650.98490.0236-0.13110.9182-0.24741.1762-14.745574.0502-37.9446
243.55064.4093-1.38029.15963.21717.9246-0.3381-0.8088-0.69952.49180.6265-0.48730.68650.4168-0.29281.4130.4709-0.15881.61520.08121.05291.281852.0605-45.9961
253.6119-5.4302-2.82898.30591.74935.2693-0.2913-0.61151.26252.39480.2164-0.9026-0.12021.5481-0.05810.95950.0499-0.02751.0944-0.17611.1346-13.182671.0015-41.4946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 421 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 422 through 553 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 175 through 325 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 326 through 428 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 59 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 60 through 114 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 115 through 269 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 270 through 325 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 326 through 421 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 422 through 473 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 474 through 527 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 528 through 553 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 6 through 83 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 84 through 174 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 175 through 238 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 239 through 363 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 364 through 427 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 0 through 16 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 17 through 26 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 27 through 33 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid -1 through 10 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 11 through 20 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 21 through 33 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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