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- PDB-6o86: Crystal Structure of SeMet UDP-dependent glucosyltransferases (UG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o86
タイトルCrystal Structure of SeMet UDP-dependent glucosyltransferases (UGT) from Stevia rebaudiana in complex with UDP
要素UDP-glycosyltransferase 76G1
キーワードTRANSFERASE / plant biochemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 76G1
類似検索 - 構成要素
生物種Stevia rebaudiana (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Lee, S.G. / Jez, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for branched steviol glucoside biosynthesis.
著者: Lee, S.G. / Salomon, E. / Yu, O. / Jez, J.M.
履歴
登録2019年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 76G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4912
ポリマ－52,0871
非ポリマー4041
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.982, 97.982, 90.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-848-

HOH

21A-881-

HOH

31A-899-

HOH

41A-983-

HOH

51A-984-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 UDP-glycosyltransferase 76G1


分子量: 52087.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Stevia rebaudiana (植物) / 遺伝子: UGT76G1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6VAB4, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% (w/v) PEG-4000, 20% 2-propanol (v/v), 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate buffer pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→38.5 Å / Num. obs: 47033 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 2332

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.799→38.451 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1957 2335 5.08 %
Rwork0.1732 --
obs0.1743 45957 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→38.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3547 0 25 387 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7384970
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1482186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.799-1.83570.27271250.23852258X-RAY DIFFRACTION87
1.8357-1.87560.23171210.21222373X-RAY DIFFRACTION91
1.8756-1.91920.25051360.20052414X-RAY DIFFRACTION92
1.9192-1.96720.22921320.18722476X-RAY DIFFRACTION95
1.9672-2.02040.21261250.18912554X-RAY DIFFRACTION98
2.0204-2.07990.21561370.17732578X-RAY DIFFRACTION99
2.0799-2.1470.17811380.1662585X-RAY DIFFRACTION99
2.147-2.22370.17721370.16582622X-RAY DIFFRACTION99
2.2237-2.31270.19311440.16732589X-RAY DIFFRACTION100
2.3127-2.4180.19141510.1682590X-RAY DIFFRACTION100
2.418-2.54540.21621320.17292644X-RAY DIFFRACTION100
2.5454-2.70490.20511230.1732648X-RAY DIFFRACTION100
2.7049-2.91370.21071470.17492623X-RAY DIFFRACTION99
2.9137-3.20670.1891380.17172642X-RAY DIFFRACTION100
3.2067-3.67050.18911780.16212615X-RAY DIFFRACTION100
3.6705-4.62310.16671390.15322664X-RAY DIFFRACTION99
4.6231-38.45930.1871320.18262747X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33410.63120.23451.82350.93281.23630.0494-0.0393-0.15420.03820.1177-0.39040.11610.35620.04720.06660.0206-0.06420.219-0.05240.162612.03233.013924.9627
21.2210.4264-0.29490.82860.19430.31020.0632-0.59990.17990.4134-0.09370.0792-0.00730.22690.06680.2339-0.0194-0.01740.3624-0.12050.1505-2.416541.195141.3038
31.86250.85880.35072.13230.30190.97690.0796-0.3601-0.05820.2352-0.0503-0.05620.1415-0.0860.00980.06760.0182-0.03170.1261-0.00250.0357-13.257424.752130.7597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 223 through 458 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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