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- PDB-6o7d: Crystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with one ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o7d
タイトルCrystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with one ATP
要素
  • CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
  • Csm4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Type III-A CRISPR-Cas system / Csm1-Csm4 cassette in complex with one ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / Cas10/Cmr2, second palm domain / HD domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain ...: / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / Cas10/Cmr2, second palm domain / HD domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system Cms protein Csm4
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Jia, N. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Second Messenger cA Formation within the Composite Csm1 Palm Pocket of Type III-A CRISPR-Cas Csm Complex and Its Release Path.
著者: Ning Jia / Roger Jones / George Sukenick / Dinshaw J Patel /
要旨: Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair ...Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair of Palm domain pockets of the Csm1 subunit. The generated cA second messenger in turn targets the CARF domain of trans-acting RNase Csm6, triggering its HEPN domain-based RNase activity. We have undertaken cryo-EM studies on multi-subunit Thermococcus onnurineus Csm effector ternary complexes, as well as X-ray studies on Csm1-Csm4 cassette, both bound to substrate (AMPPNP), intermediates (pppA), and products (cA), to decipher mechanistic aspects of cA formation and release. A network of intermolecular hydrogen bond alignments accounts for the observed adenosine specificity, with ligand positioning dictating formation of linear pppA intermediates and subsequent cA formation by cyclization. We combine our structural results with published functional studies to highlight mechanistic insights into the role of the Csm effector complex in mediating the cA signaling pathway.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
B: Csm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7135
ポリマ－122,0962
非ポリマー6173
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area41210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.776, 156.776, 185.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / ssDNase Cas10 / Cyclic oligoadenylate synthase / ToCsm1


分子量: 89750.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: csm1, cas10, TON_0893 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B6YWB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 Csm4


分子量: 32345.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌)
株: NA1 / 遺伝子: TON_0896 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YWC1
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 5% PEG3000, 25% 1,2-propanediol, and 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 33466 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.8 % / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 3279

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MUA

6mua


解像度: 2.81→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 21.043 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.44 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29919 3320 9.9 %RANDOM
Rwork0.24996 ---
obs0.2548 30095 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 101.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0.21 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.81→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7627 0 33 0 7660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0137843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.64810590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0331.57817233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9185938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.05820.498442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.578151352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3791575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.03410.7183794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.03310.7183792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5916.064718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.58916.064718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58810.9534049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.58710.9544050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.90316.3385873
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.788469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.788470
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.807→2.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 233 -
Rwork0.348 2079 -
obs--95.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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