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- PDB-6o7c: Crystal structure of the LjCASTOR gating ring in the Ca2+ and K+ state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o7c
タイトルCrystal structure of the LjCASTOR gating ring in the Ca2+ and K+ state
要素Ion channel CASTOR
キーワードTRANSPORT PROTEIN / calcium channel / RCK domain / gating ring / CASTOR / membrane protein
機能・相同性CASTOR/POLLUX/SYM8 ion channel, conserved domain / Ion channel CASTOR/POLLUX/SYM8-like / Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel / RCK N-terminal domain profile. / monoatomic ion transmembrane transport / nuclear membrane / : / Ion channel CASTOR
機能・相同性情報
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jiang, Y. / Kim, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Y.J. 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Ca2+-regulated Ca2+channels with an RCK gating ring control plant symbiotic associations.
著者: Kim, S. / Zeng, W. / Bernard, S. / Liao, J. / Venkateshwaran, M. / Ane, J.M. / Jiang, Y.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7447
ポリマ－60,5371
非ポリマー2076
水5,278293
1
A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子

A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子

A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子

A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,97628
ポリマ－242,1494
非ポリマー82724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area9560 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area81710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.569, 125.569, 82.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ion channel CASTOR


分子量: 60537.285 Da / 分子数: 1 / 断片: gating ring (UNP residues 312-853) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: CASTOR / Variant: Gifu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q5H8A6

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非ポリマー , 5種, 299分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 % / 解説: Thin rectangular prism with smooth edge
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 21% w/v PEG550 MME, 50 mM magnesium acetate, 100 mM Tris, pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 55045 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 39.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.068 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 42.512 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.67 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2759 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.668 / Rrim(I) all: 1.799 / Rsym value: 1.67 / Χ2: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000HKL2000_v712-Linuxデータ収集
HKL-2000HKL2000_v712-Linuxデータ削減
HKL-2000HKL2000_v712-Linuxデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→39.71 Å / SU ML: 0.1896 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3623
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 1998 3.63 %
Rwork0.1734 --
obs0.1747 55036 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3970 0 6 293 4269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01954026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.72765441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1101631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0128707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.80252492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.25881370.25363633X-RAY DIFFRACTION96.67
1.89-1.940.29851390.23813753X-RAY DIFFRACTION99.97
1.94-20.2371430.21323849X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.23121450.19843761X-RAY DIFFRACTION99.97
2.07-2.140.24511420.19473772X-RAY DIFFRACTION99.97
2.14-2.220.23711410.19663812X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.330.21281440.19453776X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.23911470.19383802X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.60.24151410.1953787X-RAY DIFFRACTION99.97
2.6-2.80.22361400.19373790X-RAY DIFFRACTION99.97
2.8-3.080.25571430.20223809X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.21661450.18123801X-RAY DIFFRACTION99.97
3.53-4.450.19741430.15023849X-RAY DIFFRACTION100
4.45-39.720.16651480.14513844X-RAY DIFFRACTION98.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01473546155-0.0865359421041-0.2187581920521.119197551080.3225731966041.71809914199-0.0315673717682-0.0120828671684-0.004027570224440.107870946709-0.06097685464780.1023339069750.132500149533-0.147424826741.0837049214E-50.32686241003-0.0103673584595-0.01325510577170.304052748965-0.04080206197370.361926076813-33.624350525614.115562247-28.0022122764
21.910719822610.954803534897-1.223953008961.35993446503-1.689560875162.222951596-0.0506358518236-0.0156287377862-0.004717388838650.0789120351328-0.161835002385-0.148621251778-0.08261670814190.362953101373-5.15747914886E-60.4004825947980.025350813783-0.0920697897430.410056984010.02096915501040.429565897432-16.75533098320.7930129647-45.5111194285
31.90258245757-0.515849644759-0.1671597411180.876583115438-0.05679462539412.452765747210.07548771362290.2301809733610.310329264341-0.325902038732-0.2243581304870.131087508628-0.532262720568-0.3390933083671.08203507349E-50.5133390983790.118925621133-0.07440264999110.429399051846-0.04095238385450.452169008898-42.708511863132.1986726828-36.0080002493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 320 through 606 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 607 through 766 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 767 through 852 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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