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- PDB-6o6e: Crystal structure of PltF trapped with PltL using a proline adeno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o6e
タイトルCrystal structure of PltF trapped with PltL using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor
要素
  • L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
  • Peptidyl carrier protein PltL
キーワードLigase/Transport protein / nonribosomal peptide synthetase / NRPS / type II / biosynthesis / pyoluteorin / Ligase-Transport protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-proline-[L-prolyl-carrier protein] ligase / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / peptide transport / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / ACP-like / ANL, C-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...AMP-binding / ACP-like / ANL, C-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Phosphopantetheine binding ACP domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-I5M / MALONIC ACID / L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase / Peptidyl carrier protein PltL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Corpuz, J.C. / Podust, L.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)T32 GM008326 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM095970 米国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Dynamic visualization of type II peptidyl carrier protein recognition in pyoluteorin biosynthesis.
著者: Corpuz, J.C. / Podust, L.M. / Davis, T.D. / Jaremko, M.J. / Burkart, M.D.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / computing / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.observed_criterion_sigma_F / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_CC_star / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_star / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Sequence discrepancy / 詳細: Identity of residues 499-505 have been corrected. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 2.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.02022年7月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.d_resolution_low / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand geometry
詳細: The stereochemistry of the ligand of interest has been corrected.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
E: Peptidyl carrier protein PltL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,23419
ポリマ－67,5392
非ポリマー1,69417
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.550, 170.550, 64.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BE

#1: タンパク質 L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase / L-prolyl-AMP ligase


分子量: 56397.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: pltF, PFL_2792 / プラスミド: pET37b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q4KCY5, L-proline-[L-prolyl-carrier protein] ligase
#2: タンパク質 Peptidyl carrier protein PltL


分子量: 11141.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: pltL, PFL_2786 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KCZ1

-
非ポリマー , 5種, 121分子

#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 化合物 ChemComp-I5M / 5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine


分子量: 765.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44N9O11PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.93 % / 解説: hexagonal prism, approximately 50 um long
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.73 / 詳細: 0.1 M malonic acid pH 5.73, 3.18 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→85.42 Å / Num. obs: 59600 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.03 % / Biso Wilson estimate: 59.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rrim(I) all: 0.2803 / Net I/σ(I): 9.73
反射 シェル解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 8.48 % / Mean I/σ(I) obs: 0.31 / Num. unique obs: 5360 / CC1/2: 0.0817 / CC star: 0.389 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSJanuary 26, 2018データ削減
XDSJanuary 26, 2018データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E7W

3e7w


解像度: 2.14→85.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.97 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 2860 4.9 %RANDOM
Rwork0.2142 ---
obs0.2165 55991 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.68 Å2 / Biso mean: 58.52 Å2 / Biso min: 35.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→85.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4337 0 111 104 4552
Biso mean--67.39 59.95 -
残基数----578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.6536126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2891.5899696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1585573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05921.315213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.14515694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0141534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02935
LS精密化 シェル解像度: 2.145→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 198 -
Rwork0.483 3998 -
all-4196 -
obs--96.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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