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万見
- PDB-6o60: Crystal structure of GGTase3-FBXL2-SKP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o60
タイトルCrystal structure of GGTase3-FBXL2-SKP1 complex
要素
  • F-box/LRR-repeat protein 2
  • Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
  • Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードTRANSFERASE / F-box / Leucine-rich repeat / GGTase subunits
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by host of viral RNA genome replication / protein prenyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type II / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / F-box domain binding / PcG protein complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / RAB geranylgeranylation ...modulation by host of viral RNA genome replication / protein prenyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type II / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / F-box domain binding / PcG protein complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / RAB geranylgeranylation / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / SCF ubiquitin ligase complex / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / cullin family protein binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / visual perception / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / regulation of autophagy / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein modification process / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / small GTPase binding / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Circadian Clock / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / regulation of inflammatory response / protein phosphatase binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / calmodulin binding / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / centrosome / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / F-box domain / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat ...: / F-box domain / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / F-box domain / Glycosyltransferase - #20 / Leucine Rich repeat / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / S-phase kinase-associated protein 1 / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Wang, H. / Zheng, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: GGTase3 is a newly identified geranylgeranyltransferase targeting a ubiquitin ligase.
著者: Kuchay, S. / Wang, H. / Marzio, A. / Jain, K. / Homer, H. / Fehrenbacher, N. / Philips, M.R. / Zheng, N. / Pagano, M.
履歴
登録2019年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1
B: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
C: F-box/LRR-repeat protein 2
D: S-phase kinase-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,9025
ポリマ－149,8364
非ポリマー651
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area47790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.843, 99.318, 151.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1


分子量: 46813.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTAR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7Z6K3
#2: タンパク質 Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Rab geranyl-geranyltransferase ...Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Rab geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab GGTase beta / Rab geranylgeranyltransferase subunit beta / Type II protein geranyl-geranyltransferase subunit beta


分子量: 37047.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABGGTB, GGTB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P53611, protein geranylgeranyltransferase type II
#3: タンパク質 F-box/LRR-repeat protein 2 / F-box and leucine-rich repeat protein 2 / F-box protein FBL2/FBL3


分子量: 47208.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXL2, FBL2, FBL3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UKC9
#4: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18767.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63208

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非ポリマー , 2種, 71分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH6.0, 20%-22% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 41359 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2100 / CC1/2: 0.754 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DSS and 1FQV

3dss

1fqv


解像度: 2.503→49.451 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 2069 5.01 %
Rwork0.1941 --
obs0.1968 41320 90.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→49.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9228 0 1 70 9299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02512716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7355661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5033-2.56150.31241430.24932506X-RAY DIFFRACTION88
2.5615-2.62560.31761360.23772661X-RAY DIFFRACTION93
2.6256-2.69660.32371420.23652672X-RAY DIFFRACTION93
2.6966-2.77590.30481350.22962636X-RAY DIFFRACTION93
2.7759-2.86550.28851490.22642649X-RAY DIFFRACTION92
2.8655-2.96790.34471200.22332645X-RAY DIFFRACTION92
2.9679-3.08670.28851290.22162650X-RAY DIFFRACTION92
3.0867-3.22720.23891320.21522657X-RAY DIFFRACTION92
3.2272-3.39730.2931370.20732603X-RAY DIFFRACTION91
3.3973-3.61010.25871180.20722625X-RAY DIFFRACTION90
3.6101-3.88870.21541360.18042597X-RAY DIFFRACTION89
3.8887-4.27980.24891670.17222574X-RAY DIFFRACTION89
4.2798-4.89860.20231300.16712610X-RAY DIFFRACTION88
4.8986-6.16990.23981330.1972573X-RAY DIFFRACTION87
6.1699-49.46030.21081620.17112593X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1642-0.15720.09830.2892-0.19760.9259-0.01630.1103-0.12020.05240.0437-0.00130.11430.0659-00.357-0.01130.02580.3802-0.01060.408729.070717.819540.7121
21.1294-0.0095-0.38310.8364-0.07550.79710.0611-0.00110.0686-0.0087-0.00290.0167-0.02950.0287-0.00010.3803-0.010.03830.3225-0.0350.354936.00641.269737.9639
30.91880.0752-0.17110.3706-0.05530.58790.08160.0801-0.14350.0243-0.05470.1425-0.0399-0.0034-00.3386-0.0025-0.00530.3753-0.04980.3251-2.581220.229511.6076
40.78410.1627-0.4020.3632-0.17930.49780.0756-0.031-0.0071-0.00640.00880.1259-0.03560.11980.00020.4303-0.01250.00120.41160.05820.39275.512442.576-7.0414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 400)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 6 through 328)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 9 through 400)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 2 through 160)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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