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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o5j | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of DAD2 bound to quinazolinone derivative | ||||||
![]() | Probable strigolactone esterase DAD2 | ||||||
![]() | HORMONE / alpha/beta hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / hydrolase activity, acting on ester bonds / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hamiaux, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Chemical synthesis and characterization of a new quinazolinedione competitive antagonist for strigolactone receptors with an unexpected binding mode. 著者: Hamiaux, C. / Larsen, L. / Lee, H.W. / Luo, Z. / Sharma, P. / Hawkins, B.C. / Perry, N.B. / Snowden, K.C. #1: ![]() タイトル: Inhibition of strigolactone receptors by N-phenylanthranilic acid derivatives: Structural and functional insights 著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S.M. / Luo, Z. / Lee, H.W. / Sharma, P. / Janssen, B.J. / Perry, N.B. / Denny, W.A. / Snowden, K.C. #2: ![]() タイトル: DAD2 is an a/b hydrolase likely to be involved in the perception of the plant branching hormone, strigolactone 著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S. / Janssen, B.J. / Ledger, S.E. / Cooney, J.M. / Newcomb, R.D. / Snowden, K.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4dnpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 266 / Label seq-ID: 1 - 264
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29426.623 Da / 分子数: 2 / 変異: C89Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: J9U5U9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 520分子 ![](data/chem/img/LM7.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 % / Mosaicity: 0.64 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris/Acetate, 0.2M MgCl2, 31% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月25日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.63→31.3 Å / Num. obs: 62194 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DNP 解像度: 1.63→29.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.659 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.0889 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.091 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 194.67 Å2 / Biso mean: 18.483 Å2 / Biso min: 5.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→29.37 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 8761 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | T11: 0.0087 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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